DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49201 Cc1nc2cc(O)ccc2c2c1C(=O)N1C=C(C(=O)O)CC3=C1N2CCC3=O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49202 O=C(O)CNC1CC2=C3C(=C=CC=C31)c1ccsc1-c1oc3ccccc3c12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49203 CC(Nc1ncc2c(c1C(=O)O)N=CC2)c1cccc(O)c1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49204 Cc1cc2cnc(NC(C)c3cccc(O)c3O)c(C(=O)O)c2[nH]1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49205 Cc1nc2cc3c(c(C(=O)O)c2[nH]1)NC1(C)c2c(ccc(O)c2O)OCC1C3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49206 O=C(O)C1=Cc2oc3ccccc3c2C2=C3C(=CC=CC13)C(O)C2 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49207 CC1(c2cccc(O)c2O)CCN2CC3=C(NC(=O)C3)C(C(=O)O)=C2N1 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49208 Cc1nc2c(C(=O)O)c3c(cc2s1)C(=O)C1COc2c(O)cccc2C1(C)N3 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49209 COCc1cc(C2=Nc3c(cc(C)cc3-c3ccncc3)OCO2)ccc1O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49210 CC1(c2cccnc2)CCn2c(c(C(=O)O)c3[nH]ccc3c2=O)N1 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49211 CCOC(=O)c1ccc(OCOC(CO)OC)c(OO)c1 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49212 COc1cc(Cc2cncc(O)c2O)cc2c1oc1ccccc12 Pocket2Mol 5BUR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49213 C=C1CC(C)(c2ccccc2)NC2=C(C(=O)O)c3[nH]ccc3CN12 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49214 CC(Nc1ncc2cc[nH]c2c1C(=O)O)c1ccccc1O Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49215 COc1ccc(O)c2c1OCC1Cc3cc4c(c(C(=O)O)c3NC21C)N=C=C4 Pocket2Mol 5BUR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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