DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49306 CN1C(=O)c2ncnc3ccc(O)c(c23)C1=O Pocket2Mol 4KXN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49307 c1ccc(-c2ncn[nH]2)cc1 Pocket2Mol 6ELP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49308 CC(C)=Cc1cc2n(c1)Cc1ccccc1C1=NC=N[C@H]12 Pocket2Mol 6ELP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49309 CC(O)=Cc1cc2n(c1)Cc1ccccc1C1=NC=N[C@H]12 Pocket2Mol 6ELP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49310 Cc1cccc(O)c1 Pocket2Mol 6ELP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49311 C1=C/COc2ccccc2/C2=C\C(=C/1)Oc1cc3ccccc3cc1CCC2 Pocket2Mol 6OQB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49312 CC(=O)NCc1ccc2oc3cc4ccccc4cc3c(=O)c2c1O Pocket2Mol 6OQB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49313 O=C(c1ccc2c(c1)C(O)c1cc3ccccc3cc1O2)N1CCCC1 Pocket2Mol 6OQB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49314 c1ccc2cc3c(cc2c1)CCCc1cc(cc2ccc(o2)c2ccsc12)O3 Pocket2Mol 6OQB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49315 C1=Cc2c(c3cc(cc4ccc2o4)Oc2cc4ccccc4cc2CCC3)C1 Pocket2Mol 6OQB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49316 O=c1c2cc3ccccc3cc2oc2ccc3ccccc3c12 Pocket2Mol 6OQB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49317 CCCCc1cc(C2C3=C=CC=CC3N=C2C(=O)O)n[nH]1 Pocket2Mol 5UMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49318 CC1C=CC2N=C(C(=O)O)C(c3cc(C(N)=O)[nH]n3)C2=C1 Pocket2Mol 5UMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49319 Cn1ccc(C2=NC3C=CC=C4CCn5ccnc5C2=C43)n1 Pocket2Mol 5UMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49320 C=C1C=CC2N=C(C(=O)O)C(c3cc(C(N)=O)[nH]n3)C2=C1 Pocket2Mol 5UMX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

49306 to 49320 of 73725 items. Total 4915 pages.