DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
49111 Cc1ccc2c(c1)OC=C1CC(=O)C=C3N=C(c4ccc(O)c(O)c4)C=C2N13 Pocket2Mol 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49112 Cc1ccc2c(c1)OCC1CCCC3N=C(c4ccc(C(=O)O)c(O)c4)C=C2N13 Pocket2Mol 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49113 Cc1ccc2c(c1)OC=C1CC(O)CC3N=C(c4ccc(O)c(O)c4)C=C2N13 Pocket2Mol 5J8Z ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49114 c1ccc2c(c1)ncc1cncnc12 Pocket2Mol 5UPF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49115 Nc1ccc(-c2cnnc(N)n2)cc1 Pocket2Mol 5UPF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49116 Nc1ccc(-c2ccnc(N)n2)cc1 Pocket2Mol 5UPF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49117 Nc1ccc(-c2cnn[nH]2)cc1 Pocket2Mol 5UPF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49118 O=c1[nH]c2c3cn(-c4ccccc4F)nc3c(=O)[nH]c2c2c3c(ccc12)OCC3 Pocket2Mol 6I8M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49119 CCC(O)Cn1cc2c(n1)C(C)Nc1c-2[nH]c(=O)c2ccc3c(c12)C(O)CO3 Pocket2Mol 6I8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49120 O=c1[nH]c2c3cn(-c4ccccc4)nc3c(=O)[nH]c2c2c3c(ccc12)OCC3O Pocket2Mol 6I8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49121 CC1Nc2c([nH]c(=O)c3ccc4c(c23)C(O)CO4)-c2cn(-c3ccccc3)nc21 Pocket2Mol 6I8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49122 CC1C=C(C2=CC3CC(=O)N=C3N2)c2ccc3ccc4occ5c(=O)n1c2c3c45 Pocket2Mol 6I8M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49123 O=c1[nH]c2c3cn(-c4ccccc4)nc3c(=O)[nH]c2c2c3c(ccc12)OCC3 Pocket2Mol 6I8M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49124 O=C1CC2C=C(c3cc(=O)n4c(=O)c5coc6ccc7ccc3c4c7c65)NC2=N1 Pocket2Mol 6I8M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
49125 CN1C(c2cc(=O)n3c4c2ccc2ccc5occ(c5c24)C3)=CC2CCCCN21 Pocket2Mol 6I8M ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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