DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50911 CC1=CC2c3ccccc3OC3Cc4cc(-c5ccc(F)cn5)ccc4C(=O)N3C2C=C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50912 CCCC=C[C@H]1Cc2ccccc2Oc2cc3cc(-c4ccc(F)cn4)ccc3c(=O)n21 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50913 O=C1C=CCC(=O)N1C1CCN(c2ccc3c(c2)NC2C=CC=CC2=N3)C=N1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50914 NC(=O)c1cc(O)c2c(c1)NCN(c1ccc3nc4ccc5ccccc5c4cc3c1)C2=O Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50915 O=C1c2ccc(-c3ccc(F)cn3)cc2CC2Oc3ccccc3-c3cc4ccccc4cc3N12 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50916 Cc1cc2c(cc1C)C(=O)N(Cc1ccc3c(c1)CCC1=C4CC=CC=C4N=C13)CC2 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50917 NC1=C(C2CCCO2)CN(C(=O)c2ccc3c(ccc4c(C(=O)O)[nH]nc43)c2)C=N1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50918 Cc1ccc(-n2c(C)cc3cc(-c4ccc(F)cn4)ccc3c2=O)cc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50919 C=C1CC2NC(=O)N=C2C2=CC(Cc3cc4c(cc3C)CC=CN4)=CC12 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50920 Cc1ccc2c(c1)OC1CC(Cc3cc4c5c(n3)-c3cc(O)cc(O)c3CCC5CC(C)O4)CC1O2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50921 O=C1c2cc3ccccc3cc2CCN1Cc1ccc2c(c1)CCC1=C3CC(O)=CC=C3N=C12 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50922 CCCn1cc(Cc2cc3c(cc2C)Oc2ccccc2N3)cc1C1=NC=CC1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50923 Cc1ccc(N2CCc3cc(-c4ccc(F)cn4)ccc3C2=O)cc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50924 COc1cccc2c1Oc1cc3cc(-c4ccc(F)cn4)ccc3c(=O)n1-c1ccc(C)cc1-2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50925 O=C1CCCc2cc3c(cc21)CCN(Cc1ccc2c(c1)CCC1=C4CC=CC=C4N=C12)C3=O Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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