DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50941 Fc1ccc2c(c1)CN(c1ccc3c(c1)CC1=C=CC=CC1=N3)C=C2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50942 OC1Oc2cc(CC3CCCC3)nc3c2C(CCc2ccncc2-3)O1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50943 CC12COCCCN1C(=O)N1CC(c3ccccc3)=CC=C1C2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50944 C1=CC2=Nc3ccc(N4C=Cc5ccccc5C4)cc3CC2C=C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50945 CC=Cc1cc2c(cc1Cc1csc(-c3nn(C)nc3C)c1)NC=CC2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50946 Cc1cccc(CN2CCc3cc4c(cc3C2=O)c(O)c2c3c(ccnc34)C(=O)N=C2)c1O Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50947 COc1ccc2nc3ccc(-c4nc5cc(C=O)c(C)cc5o4)c(C)c3nc2c1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50948 CC1=C(O)CC(O)=C(CN2CC(=O)C=C(c3cccc(-c4ccccc4)c3)C2)C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50949 CC=Cc1ccc2ccc(C3=NC=C[C@@H]4Cc5ccc(F)cc5N34)cc2c1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50950 COc1ccc(C(=O)O)c2cc3ccc4nc5cc6c(cc5nc4c3cc12)CC=CC6 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50951 Cc1ccc(N2C(=O)Cc3cc(-c4ccc(F)cn4)ccc3C2=O)cc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50952 Cc1cc(O)cc(Cn2ccc3cc4c(cc3c2=O)Cc2cccc3ccnc-4c23)c1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50953 CC1CC2CCc3ccccc3-c3nc(CC4CC5Oc6ccccc6OC5C4)cc(c32)O1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50954 COc1cc2cc(-c3cc(C(=O)O)ccn3)ccc2c(=O)n1-c1ccc(Cl)cc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50955 Clc1ccc2ccc(Cc3ccc4cccnc4c3)cc2c1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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