DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50971 CCC1(C)CN2C(=O)N3CC(c4cccc(-c5ccc(O)c(O)c5)c4)=CC=C3CC2O1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50972 O=c1c2ccc(-c3ccc(F)cn3)cc2cc2n1[C@@H](C=C1C=CC=CC1)Cc1ccccc1O2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50973 CC1=C(O)CC(O)=C(CN2CC(=O)C=C(c3ccnc(-c4ccccc4)c3)C2)C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50974 COC(C)=C(C)OC(=O)NCc1cc2ccc(-c3cccc(F)c3)cc2cc1-c1ccccc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50975 Cc1c[nH]c(=O)c(CNC(=O)c2ccc3c(c2)C(F)(F)Cc2ccc(C(=O)O)nc2-3)c1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50976 Cc1cnc2c(c1)CN1C(=O)c3cc4ccc5cccnc5c4cc3CNC1=N2 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50977 COc1ccc2c(c1)Oc1cc3cc(-c4ccc(F)cn4)ccc3c(=O)n1C1C=C(C(=O)O)C=CC21 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50978 C1=CC2=Nc3ccccc3CC2=N1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50979 CC1=CC2c3ccccc3Oc3cc4cc(-c5ccc(F)cn5)ccc4c(=O)n3C2C=C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50980 Cc1cccc(Cn2ccccc2=O)c1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50981 Cc1cc2c(cc1Cc1c[nH]c(-c3ccn(O)n3)c1)NC=CC2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50982 NC(=O)c1ccccc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50983 COc1c(C)cccc1Cn1ccc2cc3c(cc4c5c(ccnc53)C(=O)N=C4)cc2c1=O Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50984 Cc1cc2c(cc1CC1=CC3C(=C1)C1=NC(=O)N=C1CC3C)NC=CC2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50985 Cc1nc(=O)c(F)c(-c2ccc3c(c2)CCc2csnc2-3)[nH]1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

50971 to 50985 of 73725 items. Total 4915 pages.