DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
50986 O=C(O)C=C1C=CC2=Nc3ccc(N4C=Cc5c(ccc6c5C=CCO6)C4)cc3C[C@@H]2C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50987 CC=C(C)OC(=O)NCc1cc2ccc(-c3cccc(F)c3)cc2cc1-c1ccccc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50988 Cc1cc2c(cc1Cc1csc(-c3ccn(O)n3)c1)NC=CC2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50989 Oc1ccc2c3c1-c1ccccc1C(Nc1cccc(Cl)c1)C3C1CCCN1C2 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50990 Cc1ccc(N2C(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cn4)cc3CC2C)cc1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50991 Cc1cccc(CN2CCc3cc4c(cc3C2=O)CC(=O)c2c(C)ccnc2-4)c1O Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50992 Cc1cccc(C(=O)N2C=CC=C(c3cccc(-c4ccccc4)c3)C2)c1C Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50993 Cc1ccc2c(c1)OC1CC(Cc3cc4c5c(n3)-c3cccc(O)c3CCC5CC(C)O4)CC1O2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50994 Nc1nc(F)ncc1CC1=CC2=CC=NC2=CC1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50995 CC1=C=CC(=O)C(Cn2ccc3cc4c(cc3c2=O)c(O)cc2c(C(=O)O)ccnc24)=C1O Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50996 CC(O)CC1NNN=C1c1ccccc1 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50997 Oc1ccc2c3c1-c1ccccc1C(Nc1cccc(Cl)c1)C3C1C=CCN1C2 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50998 Cc1cc2c(cc1CC1=CC3=CCC4NC(=O)N=C4C3=C1)NC=CC2 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
50999 CCC1=CCC2C(=C1)c1cc3c(cc1C(=O)N2CC1=CC(C)=CCC1=O)C1NNN=C1C1C=CN=C31 Pocket2Mol 5AEH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51000 CC1CCc2cc(C(=O)Nc3ccccc3)ccc2C1 Pocket2Mol 5AEH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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