DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
51031 Cn1ccc(C2=Cn3c(nc4cncnc4c3=O)C2)c1 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51032 Cc1cc2c3c(c(N)nc2[nH]1)CCC3 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51033 Cc1cc(C2=CCc3cc(-c4ccccc4)ccc3C2)ccn1 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51034 Oc1cc2ccncc2c2c1Nc1cc(C3=CC=NC3)ccc1C2 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51035 CC1=Nc2ccc3c4c(ccc(c24)N1)C=C(c1nc(C)nn1C)C3 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51036 c1ccc(-c2ccc3c(c2)Oc2ccc4ccccc4c2C3)cc1 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51037 O=C(O)C1=C=CC(c2cc3n(c2)C(=O)c2ncncc2C3=O)=C1 Pocket2Mol 4IWQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51038 Cn1ccc(-c2cn3c(=O)c4ccccc4nc3s2)c1 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51039 Cc1nc(C2=Cc3ccc4c5c(ccc(c35)C2)N=C(N)N4)n(C)n1 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51040 Cc1cccc2ccncc12 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51041 O=C(O)C1=c2c(cc3c4ccsc4nc4cccc2c43)N=C1 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51042 Oc1ccc2cc(-c3ncc4ccnc-4[nH]3)cnc2c1 Pocket2Mol 4IWQ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51043 C1=Nc2cc3c4ccncc4cc4cccc(c2=N1)c43 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51044 COc1ccc2c(c1)nc1cc(O)cc3c4c(cc2c13)OCN=4 Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
51045 Cc1ccc(C2=NC3=NCc4c(nn(C)c4C)C3=CC2)nc1O Pocket2Mol 4IWQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

51031 to 51045 of 73725 items. Total 4915 pages.