Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
54016	O=C1CC2NCNC2c2nc3ccccc3n21	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54017	NCC(CN(C1CC1)C1CCC23CCC4OC(=Nc5cccc6nc(C7CC7)n4c56)CN2C13)C1CCC(O)C1	SBDD	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54018	CC(N1CCN(CCC2CCC3CC34[N]c3cc(F)ccc3N24)CC1)C12C=NN(C)[C]1C2NC(=O)CO	SBDD	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54019	NCC1CN(C(CO)C2C3CCC4OC(=Nc5cccc6nc(C7CC7)n4c56)CN32)C2CC2OC2C(O)C3OC3C12	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54020	O=C1N(CC2CC3CN(CCC4C(F)CC5CC56[N]c5cc(F)ccc5N46)CCN3C2)CCCC12CC2	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54021	CC(C)Nc1cccc(C(=O)N(C)CCN2CC2CCC2C(O)CC3CC34[N]c3cc(F)ccc3N24)c1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54022	OCC(NC1OCC2C3CC(C4CCC5CC56[N]c5cc(F)ccc5N46)N4CC4CCC1N23)c1ccc(O)cc1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54023	CC(NCC(=O)N(C)Cc1cccc(NC2CC2)c1)C1c2nc3ccccc3n2C2CC2C1C	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54024	NCC1CN(C(CO)C2C3CCC4OC(=Nc5cccc6nc(C7CC7)n4c56)CN32)C2CC2OC2C(O)CCC12	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54025	N=CC1OC1C(CN1CCN(CCC2C(F)CC3CC34[N]c3cc(F)ccc3N24)CC1)C1C(O)N1C1CC1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54026	CN1CC1C(CN1CCN(CCC2CCC3CC34[N]c3cc(F)ccc3N24)CC1)C1OC1C=N	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54027	NCC(C(=O)N(C1CC1O)C1(C2C3CCC4OC(=Nc5cccc6nc(C7CC7)n4c56)CN32)CO1)C1C=CC(O)C1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54028	ONC(c1ccccc1)C(F)F	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54029	O=C(NC(CO)c1ccc(O)cc1)C1CCC2CN2C(C2CCC3CC34[N]c3ccccc3N24)CC2CN21	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54030	N=CC1=CCCC2CCCCC12	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

54016 to 54030 of 73725 items. Total 4915 pages.