Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
54031	CC1c2nc3ccccc3n2C2NC2C1C	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54032	NC(=O)c1ccccc1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54033	NCC(CN(C1CO1)C(CO)C1C2CCC3OC(=Nc4cccc5nc(C6CC6)n3c45)CN21)C1CCC(O)C1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54034	Fc1ccc2c(c1)nc1c3c(c4c(n12)N4)C=NC3	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54035	O=C1CC2CC2c2nc3ccccc3n21	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54036	NCC(CN(C1CC1)C1(C2C3CCC4OC(=Nc5cccc6nc(C7CC7)n4c56)CN32)CO1)C1CCC(O)C1	SBDD	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54037	Cc1ccc(C(=O)N2C[C@](C)(O)C[C@@H]2C=CC23C=C[C@@H](CCCNCCO)N2C3)n2c1nc1ccccc12	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54038	Cc1c2c(n3c(nc4ccccc43)c1C)N2	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54039	CC(=O)Nc1cccc(CN(C)C(=O)CNC(C)C2c3nc4cc(F)ccc4n3C3CC3C2C)c1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54040	CC1CC(NC2=CC3CN3C=C2)C(=O)n2c1nc1cc(F)ccc12	SBDD	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54041	CC(NCC(=O)N(C)Cc1cccc(NC2CC2)c1)C1c2nc3cc(F)ccc3n2C2C(=O)C2C1C	SBDD	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54042	CC1CC(NC2C=CC(CO)N3C(O)C23)C(=O)n2c1nc1cc(F)ccc12	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54043	CN(CCC1CCC23CC2C32[N]c3cc(F)ccc3N12)CCN1C(=O)C(CN2C(=O)C(O)C3CC32)C(C(=N)N)C1=O	SBDD	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54044	N=Cc1cccc2c1CCCC2	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
54045	NCC(CN(C1CO1)C(CO)C1C2CCC3OC(=Nc4cccc5nc(C6CC6)n3c45)CN21)C1C=CC(O)C1	SBDD	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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