DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
58141 OCC1CCC(NC2=NCc3ccccc3[N]2)C1 SBDD 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58142 CN1N=C(C(=O)NC(=O)Cc2ccc(N3C=NC(N)=C(c4ccccc4)C3)cc2)C=C2CC=CC=C21 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58143 NC1N=C(CCc2ccccc2)Nc2ccccc21 SBDD 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58144 O=C(NCc1ccccc1)C1CC2CC2O1 SBDD 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58145 CC1CCCCCC2CC23Oc2cc(N4CNC(=O)C(c5ccccc5)C4)ccc2OC13 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58146 N[C]1N=CN(c2ccccc2)C2CC12c1ccccc1 SBDD 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58147 CCCC(CNC1CCC(C)CC1)COC1=CC2=CC=C3C(c4ccccc4)=C(N)N=CN3C2C=C1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58148 C1=COC2C=CC=CC2=C1 SBDD 4TOS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58149 NC1=C(c2ccccc2)CN(c2ccc(CO)cc2)C=N1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58150 OC1CC1(C=C=C(c1ccccc1)C1CO1)C1CO1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58151 NC(Nc1ccncc1)c1ccnc2ccccc12 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58152 NCC(COC1=CC2=CC=C3C(c4ccccc4)=C(N)N=CN3C2C=C1)C1C=C1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58153 NC1=C(c2ccccc2)CN(c2ccc(CC(=O)NC3=NNc4ccc(F)cc4C3)cc2)C=N1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58154 O=C(Cc1ccc(N2C=NC=C(c3ccccc3)C2)cc1)NC1=Nc2cccc3nccc(c23)C1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
58155 c1ccc(C2CN2c2ccccc2)cc1 SBDD 4TOS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

58141 to 58155 of 73725 items. Total 4915 pages.