DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64606 C1=CC(C2=CCCCCC2c2cccnc2)N=CN1 TargetDiff 5A7B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64607 COC1=CCC=CC1C1C(N)=C(O)Cc2oc3c(c21)CC(=O)O3 TargetDiff 5A7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64608 NCCCCNC(=O)C1(O)C=CC2=CCC=CC2=C1 TargetDiff 5A7B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64609 CC1CCCC1C(=N)NCCN TargetDiff 5A7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64610 CCCC(=O)Cc1cccc(C(=O)O)c1 TargetDiff 5A7B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64611 O=C(O)CCC1=C2CCC(C(O)C(F)F)=C2CC1 TargetDiff 5A7B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64612 CC(=NC1C=CCN=C1)[C@@H]1CCNN1 TargetDiff 5A7B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64613 OC1=C2Oc3ccccc3OC2CC(F)=CC1O TargetDiff 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64614 CCC1C2OC3C(c4ccccc4CCCC4=CCC=CN4)CCC3C3OC(=O)C(C(=N)CN1C)C32 TargetDiff 5U49 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64615 N=c1onc2c3c1C(=O)C(C1Oc4ccc(O)c(O)c4O1)C3=CC=CN2 TargetDiff 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64616 CC1=C2C(NNC2C2C=CCC(O)=C2O)C2=C3C(=CCC=C(O)C3O1)C(=O)N2 TargetDiff 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64617 N=C1NC(=O)C2=C/C1=N\C1CCC3=C1C=C(/C=C\C=C=CC2F)C1C=CC=CC31 TargetDiff 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64618 N=C1NC(C2C=CC=C(O)C=C2)C2(O)C1CCC13C(C(=O)O)OC(=O)C(O)C(O)C1CC(F)CC23 TargetDiff 5U49 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64619 OC1COC2=C3C(CC2)C(C(F)F)N2OC4C=CCC5=C4C(O)(c4ccccc45)C2C31 TargetDiff 5U49 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64620 C=C1C=Cc2cc(C(=O)OCC)cc3c2C1C(C)C3 TargetDiff 5U49 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64606 to 64620 of 73725 items. Total 4915 pages.