DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64651 C=C(CN=C1C=CC(N(C)C)=CC1=C=O)Nc1ccccc1.Oc1ccccc1O TargetDiff 5NVV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64652 CC1C(O)=CCC2=C1NCN2 TargetDiff 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64653 FC1(F)CC2C=NCC3=C2C(C1)SC3 TargetDiff 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64654 CCC1=CC(c2ccccc2)C2NCC=C(O)C3C2C1C3(C)O TargetDiff 6DL2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64655 O=C1NC2C(CCCC(O)C2c2ccccc2)CCN2C(=O)C3CCNCCC3=C12 TargetDiff 6DL2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64656 NC1=CC=CCC=C1C(F)F TargetDiff 6DL2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64657 CC(CO)C1CCC2C3=C(CC21)C(C)C(C)C3=O TargetDiff 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64658 OCC1CCC2NC3=C(C=CC(F)C=C3)N3CC=C(CCC4C=CNC=N4)C1=C23 TargetDiff 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64659 CCCC1=NN=CN2NC3=C(C)CNC4CCC(C34)C12 TargetDiff 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64660 COC1=C(O)C(C=N)C(OC2CCC(F)S2)=CC1 TargetDiff 6DL2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64661 CC(O)CCCC(C)CC1=CCC2C(C1)C(O)CC1CC23CCCC13 TargetDiff 6DL2 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64662 CC1C(=O)OC(=O)C2C(N(O)S(C)(N)O)=CC(CCO)=CC12 TargetDiff 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64663 CC[C@@H](OC1=C[C@H](S(N)([O])[O])C=CC1=NC(=O)N(CC)C(C)C)[C@@H]1CCN=C(CCCC(=O)O)[C@H]1C TargetDiff 5LLO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64664 CCC1=CCC=C2C1CC1C2OS(O)(O)C(C)CSC1C(=O)C(C)NO TargetDiff 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64665 CCC1OC2CCCC2CN1C1CCCC1OC.NS(O)(O)O TargetDiff 5LLO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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