Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64681	COC1C=C(N)CC(OCCCC(C)C2=CCC=NC2C2CC(N)=C(C(=O)S(N)=O)C2)C1C	TargetDiff	4Z1K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64682	N=C1C/C2=N/C3CCCCCCC(C3)C(O)CC3(O)N=C(CCC3(O)O)N2N1	TargetDiff	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64683	C[C@H](CN(C)C(=O)C1=CC(=CC2=C[C@@H]3C(=O)N=CC[C@@]3(O)N[C@@H](C)O2)C=CC1)[C@@H](CCF)[C@H](O)[C@H](O)[P@@](=O)(O)CC[C@@H]1CCC[C@@H](C(=O)O)OC1	TargetDiff	4ZX3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64684	OC1CC2=C3CC1CC/C=C1\CNCC14CCC(CC(O)(O)CC(O3)C(O)C2O)C4	TargetDiff	4ZX3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64685	NC1=C2C(=NCC1CO)CN1CC(O)(O)/C(O)=C\C(O)C(O)CC21	TargetDiff	4ZX3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64686	CCC(C(C)O)C1CC(NC(=O)C(N)C2CC3CCC4CC(C)(O)CC5COCC(C2)C3C45)CN1	TargetDiff	4ZX3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64687	CC1(O)CC2CC(CCOC3=NCCN3C3(O)COC(OCC(O)CC(O)(O)C(=O)O2)C3O)C(=O)N1	TargetDiff	4ZX3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64688	Cc1ccc2cc1NC(=C1C=CCC=C1)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H](O)C[C@@H](CO)OC2=O	TargetDiff	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64689	CC12C=C3NC4C(=C=CC5CC(F)CC(=O)N5CC(=O)NC(N)C3(N)O)CCC4N1C(=O)CCC2	TargetDiff	4ZX3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64690	CC1=CC(C2NC(C3(O)CCC3O)C(O)C(O)C2N)CC=C1O	TargetDiff	4ZX3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64691	CC1=C(O)C(N2CCN=C(C(C=N)C3C=CCC=C3Cl)C2)C=C(F)C1F	TargetDiff	5VCV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64692	N=C1C=CN2CC(CC3CCCO3)C3=NC=CC(=N1)C32	TargetDiff	5VCV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64693	CCc1ncc(F)nc1N1C(C)CN=C(C)C1CC(C)O	TargetDiff	5VCV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64694	Cc1ccc2c(c1C)NC(=NC1C=C(OF)NC=C1NCN)CCOC2=O	TargetDiff	5VCV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64695	Cc1ccc2c(cnc(=N)n2C2CC(=O)NCc3c(C(=O)O)cc(O)cc32)c1	TargetDiff	5VCV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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