DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64741 NC(=O)c1ccccc1 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64742 CC1CC2CC1C(C1=CC(=C=O)C=CC=C1)NCN(C)C2 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64743 Cc1ccc2c(c1)N(C)OC2 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64744 OC1(O)Cc2ccc(C3C=CCC=C3)c(C3CCC(O)(O)N3)c2C1 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64745 NCc1ccnc2c1CC1CCCC1C2 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64746 CCN(NC1CCCC1)C1CC(C)C(O)(C2OC(C(=O)O)C(O)C2C2OCCCO2)C1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64747 CC1N=CC2C(=N1)CC1C(CCC1(N)O)C(C)OC1CCCCN2C1=O TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64748 CCC(C)C1CN=C2NC(C3C=CC=CC(OC)=C3)C(CC)N(C)C21 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64749 OCC1CC2=CCCCCN2CC1O TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64750 CC(C)CN1NC(OC2CCC(C)C2)C(C2C=CNN=C2)C1=O TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64751 CC(C)C1SSC(C(=O)O)OC(CC2C=CCC(=O)C2)C1O TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64752 CC(O)CNCC(O)C1CCCO1 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64753 CC1C=CN2CC(C(O)C(C)C)OC(=O)C2CC1 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64754 N=C1C2=C(C3=C1C1CC4CCC1(CC4)N3)C1CCC1C2 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64755 CC(=O)C1CNC(=O)C(c2cccnc2)C1OCCC1=NC(C(=O)F)CN1C TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64741 to 64755 of 73725 items. Total 4915 pages.