Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64696	CC1=CNC2=C3C(=NC4CC(=S)C(N(C)O)C(C(F)F)C24)NCN13	TargetDiff	5VCV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64697	COC1CC(O)/C2=C/C3C(=O)NC(=S)N3c3cccc(c3)C(=O)N2C1	TargetDiff	5VCV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64698	NC1=CC=CCCC1O	TargetDiff	5OH9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64699	CN(N)C1CCN=C2CNCC2C1	TargetDiff	5OH9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64700	C=C1C(=O)[C@@H](N=C(F)CCCCC2CCCC2)[C@]1(F)C(F)F.F	TargetDiff	5OH9	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64701	S=C1CCC2=C(CCC2)N1	TargetDiff	5OH9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64702	CNC1=CC=CC(c2ccc(NC3=N[C](CC4C=CCC=C4)N3)cc2)C1N	TargetDiff	5OH9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
64703	N=C(NN)c1ccccc1	TargetDiff	5OH9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64704	O=C1CC=C2NCCNCC2=N1	TargetDiff	5OH9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64705	CN(C1CCCC(=O)CC1)C1CCC(C(=O)C2C=CCC=C2N)C1	TargetDiff	5OH9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64706	O=C1C=C2C(N3CCc4ccccc43)=C=C/C=C\C#CCC(C3=CCC=CC3)COCCC2ON1	TargetDiff	6FNI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64707	CC(C)Oc1ccc2c(c1)NC(CCCCCCO)C2O	TargetDiff	6FNI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64708	CC1=C2C=CC(=N)NC2C2CC(C3=CCC4=C(C3)OCO4)NCC12O	TargetDiff	6FNI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64709	COC1C=CCC=C1OC1=CC(F)C=C2CN(C3C=CC=C(C)C=C3)C(=O)C21	TargetDiff	6FNI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64710	CCC[C@H](CCN)C(=O)NC(=CCCC[C@@H](C)OC)CC	TargetDiff	6FNI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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