DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64666 CCC1CC2(c3ccc(ON)cc3)OC(=O)C3C(O)CCC3C3CC(=O)C1N32 TargetDiff 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64667 CC[C@H]1NC2=CCC(=C(O)C(N)=O)C=C2C[C@@H](C(=O)O)[C@H](OP(=O)(O)O)[C@H](O)COCC[C@H]2CCC1N2 TargetDiff 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64668 COC(=O)C(C(=S)OC(O)CO)C1CC2=C(CC=CC2)C1(O)C(C)(O)O TargetDiff 5LLO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64669 CC1COc2c3c(cc(=O)n2O)C(O)C(C)C(C)/N=C(\O3)C1O TargetDiff 5LLO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64670 CC=CC[C@@H](C1C=C(Cl)C=C(Cl)[C@@H]1S(N)([O])[O])[S@](=O)O TargetDiff 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64671 CN1C(=O)N=CC(CCOP(=O)(O)O)C1(O)C1C=CC=C(N)C=C1 TargetDiff 5LLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64672 CC1OC2CCC(C(=O)N(C)c3ccccc3)CC23CCCC(=O)C3C(O)C1C(C)(C)O TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64673 CCOC1CC(C(=O)OC(C(C)O)C2OCCCC2O)C(O)(Oc2cccc(C(=O)O)c2N)C(OO)CO1 TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64674 CC1CCC(C2C=CC=C3C(=C2)N(C(=O)O)CC3(O)C(=O)O)C1 TargetDiff 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64675 C=C1C2CCCCCCC3c4ncccc4OC(C23)N1C(C)C(=C=CC1CCCC1)COS(N)(O)O TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64676 CC1C(O)CCN1C(c1cccc(P(=O)(O)C(O)(O)F)c1)C1CC2CCCNC(Cc3ccccc3)OC2N1C TargetDiff 4Z1K ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64677 NS([O])([O])N/C1=C\CC/C(C(O)Cc2ccccc2)=C(/O)C(Cl)N1 TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64678 CN(CC(=O)O)CC(C)(C)C1Nc2cc(C(F)(F)F)ccc2C2C=CCC(C3C=CC=CC=C3)C21 TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64679 C[C@H](N=N[C@@H](N=C1C(=C2C=CC(O)C(O)=C2)CNN1C)C(=O)O)c1ccccc1 TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64680 CC(C1CC(=O)C2CCC(CCO)CCC2(C)CC1=O)P(=O)(O)O TargetDiff 4Z1K ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64666 to 64680 of 73725 items. Total 4915 pages.