DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64756 O=C1C2CCCC2=C2NNC3CC4(CCCN4)NC3CN12 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64757 N=C1CCCCCN(c2ncnc(C3=CC=CCNC3)n2)C1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64758 CCC1=CC(C2(O)CCC(=N)CCN2C(=O)CC(=O)C2CCCCCC2)C=CC=C1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64759 COc1cc2cc(c1)N1C(=NC3=CCC=CC31)C1C(=O)Nc3cccc-2c31 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64760 COCC1C=CC2=C(OC)CCC2=C1N1CC(O)CC1=O TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64761 O=C1CC(NC2=C(C3CCCN3C(=O)F)CCC2)C(CO)CO1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64762 CCC1CC2C(CCC(C3CCCCCC(F)C3)C23CCC(CCO)CCC3C)O1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64763 Cn1c(=O)cc(S(N)(O)O)c2ccccc21 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64764 CC1=NCC2=NNC(=O)CC2=CN1 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64765 OC1=CC2C3CCC3NC(C34CCC(CC3)C4c3ccc(O)cc3)C2C(O)=C1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64766 CC(C)Cc1ccc2c(c1)CC1CC(C)C2C1 TargetDiff 7LKX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64767 N=C1N=C2NCC(NC3OC(O)C(O)C3C(O)CCO)=C2N1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64768 COC1=CC(C(C)=O)C2CCN(C(CC(N)C=O)C(OC(=O)F)C3CCCC3)C2=C1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64769 CC1(O)NCCCC2C3NNC4=C5C=CCC=C5N5OC(CC(=O)O)CN(C(=O)C21)C5C43 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64770 CCC1OCC2CC(OC)CC=CC2NCOC(=O)C(C)(O)C2CCCC(CC2)O1 TargetDiff 7LKX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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