DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64816 CC(O)C1(OC2C(O)C(O)(C(=O)O)NN2C=O)CC(O)CO1 TargetDiff 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64817 CC(O)C1C(O)C(O)(O)CC2CCCC21O TargetDiff 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64818 O=C1CC2N3C(Cc4ccccc4C3c3ccccc3N1)CC2(O)F TargetDiff 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64819 CC1(O)C(O)C(N)(O)C2CN3CNNCCC3C21O TargetDiff 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64820 CC(=O)NC1=CC=C(O)C2CCC3C=C(N(C)C)C=CC3CC12.CCCCCCC(C)O TargetDiff 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64821 CC[C@H]1CC2C(=CC=C[C@H](C(=O)N=C3CCCCCC3=O)[C@H]2[C@H]2C=CCC=C2O)[C@@]1(C)O TargetDiff 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64822 CC[C@H]1C(Cl)=CC(=C2C=CCC=C2O)C(NC)=C1O TargetDiff 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64823 CC(=O)N[C@@H](C)[C@@H](O)CCC[C@@H](O)C[C@]12C[C@@H]3C(=O)N4CC(=C=CCC5C[C@@H](OC5=CF)[C@@H](C1)C(O)(O)[C@@H]2C)C=C=C1C=C(C=CC1)OCC(=O)O[C@H]1CC2=C(CC=CC2)[C@@H]1[C@@H](C4=O)N3N TargetDiff 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64824 C=C(C)c1ccc(C)c2c1C(=O)N(CCC(O)C(O)CC(O)C1=C3NCCN3C=C(C)C1)C2=O TargetDiff 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64825 Cc1cc(Cl)cc(OC(C)COCC(c2cc(F)c(O)c3c2OCO3)C2N=CNC=C2O)c1 TargetDiff 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64826 CC1=NC2C(C3=C1SNC3)C1=C(C3=NC4C(=C5C=CCC=CC5=CC4C(C)(C)C)N32)C(C)NC1 TargetDiff 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64827 COc1cc(O)cc(C(N)C2C(CN)CC3C=C(C)C(C)=CC32)c1F TargetDiff 6CJR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64828 CC(C)[C@H]1CC(=Nc2cccc3c2CCC=CN3)c2ncccc21 TargetDiff 6CJR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64829 COC1=C2CC(C)C3CNC/C3=C(\N)CC2C(=O)N=C1 TargetDiff 6GZM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64830 CC1=C2C3C=CCC4=C3C3=C5C(=C(CCO)CC5N4C(=O)c4ccccc4)N=C(NC=N1)C32 TargetDiff 6GZM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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