Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64846	C1CC2COC(O1)O2.CC1(C)OC2NC3=C=C(NC(=S)C(=O)OC2C1O)C(CC(=O)O)CC1CCCNC1CCNC3F	TargetDiff	5M77	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
64847	CN(CO)C1CCN(C)C1CN1CC(F)N2CNC(C3C(C=O)CNC(=O)C3O)C12	TargetDiff	5M77	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64848	CC1=C2C(CC[C@H](CO)OC(=O)C=CC=CCC3=CCC(=NCC(O)(F)F)O3)O[C@@H](CO)[C@@](C)(O)CN2C=NC1CCF.O=C(O)CCCCCO	TargetDiff	5M77	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
64849	CCC(N)OC(O)C1C(C(O)C(C)O)OC2C1C1=C3C(C(=O)CC32O)C(C(=O)NC)=CC1	TargetDiff	6O5U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64850	CCNC=C1NC[C@@H]2C[C@](N)(CCN(C)C)CC12	TargetDiff	6O5U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64851	Cc1ccc(C2(O)CC(O)c3ccc(CC(O)C(C)O)cc3N2CCC2CCC(O)C2)cc1	TargetDiff	6O5U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64852	COC(C)C(O)OC1CCC(C)C(C2C(c3ccccc3)N(C)C(C)C2P(O)O)O1	TargetDiff	6O5U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64853	CN1CC2C3=CC4=C(C(=O)CCC4OCC(O)C(c4ccccc4)OC4CC(O)CC4O3)C2C1	TargetDiff	6O5U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64854	COC1=CC2C3=C(Cl)C1(O)OC(C)CCCC(O)C(N)CCCC(=O)N1CC(C)C(CO)(CC(O)C2O)C(C)C1(C)CC3	TargetDiff	6O5U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64855	NC(=O)C(O)C1COC2CC(C(=O)NCCc3ccccc3CCO)CN2C1	TargetDiff	6O5U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64856	CC1(C)CC2CC3CNC(CCC4C=CC5C(O)=CCC(=C5NC4=N)C4NN2C=C2CC5CCC24C5)CC31	TargetDiff	6O5U	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64857	CC1CC2CCC3C(=C=C4CC=NN=C4N(C)C12)C1CCCC1=C1CN=C(C(=O)C2CNC2)N13	TargetDiff	6O5U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64858	CCC1CCCC(=O)OC(C)/C2=C/C3C(CC(O)C3NC(=O)OCC(O)CCC2)C(C(C)(C)N)CCN1	TargetDiff	6O5U	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64859	COC1C(=O)N/C(C)=N\C2=CCC(C=C2)C2C=CCC(=C2)NC(=O)CC2CCC(N2)C1(O)NO	TargetDiff	6MU3	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64860	O=C(O)c1cc(Cl)cc2c1NCN2C1OC(O)C(O)(F)C1O	TargetDiff	6MU3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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