Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
64891	CNCC1=C(C2C(=N)Nc3nc4cc(C)ccc4cc32)NCN1	TargetDiff	5OP4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64892	CO/C1=C\C(=O)C2=C(OCN1)C1CCCCC=C1N2	TargetDiff	5OP4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64893	CN1NC2OCC3NC(c4ccccc4)=C4NCC1C432	TargetDiff	5OP4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64894	c1cc2c3c(n1)CCC3CN2	TargetDiff	5OP4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64895	C1=CC(c2ccccc2)NC2=C1CCCCC2	TargetDiff	5OP4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64896	Cc1cccc2c1C/C=C\C1=NC(=C=C(N(C)CO)C(N(C)O)S2)NC(C(N)=O)=C1	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64897	CCCC(=O)N(CC)C1C=CC2C(C(=O)N3/C=C\CCC45CC(C4)C(C)(O)CCC5C3(O)CC2C(O)C(C)C(=O)O)C(O)=C1C	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64898	C[C@@H](C(=O)O)c1ccccc1N[C@@H](C=CCC(N)=C=Cc1ccccc1)[C@H](C=O)C1=NCCCC1	TargetDiff	4PV5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64899	CC1CC(CO)C(C(C2OCC(O)(O)c3ccccc32)C(C(=O)O)C2CCNC(=O)C2)C1	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64900	CN(C1c2ccccc2C2=C(N)CCC(C(=O)O)C21)C(O)(NCC(=O)CCCC(=O)O)C(=O)O	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64901	OC1CCCOC1CNC1CC=CC2C3=CCC=CC3c3nc4cccnc4n3C12	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64902	CN1CC2=C(C1)C(O)C(O)C1CCC(O)CC1(O)C1CCC3C1=CC=C(F)C3C1COC3CC(C)(CCCOC3O1)NS([O])([O])N2	TargetDiff	4PV5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64903	CC1CC2(O)c3c(cc(C4OCC5Nc6cc(Cl)ccc6C54)cc3CN1)CCC2O	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64904	CCC1CCCC1(CC(=O)O)C1=C=CNC=CC1C1C(O)=CC=C2C=C(N)C=CC21	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
64905	Cc1cc(C(=O)O)ccc1OC(CC1C=CC=CC1C(=O)O)C(=O)C1CCCC(C(C)O)C1	TargetDiff	4PV5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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