DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64951 NN/C1=N/CC(C(=O)CC(N)C2C=CCC=C2)CNC(=O)CC2=CC1=NCN2 TargetDiff 5IKB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64952 CC(=O)OCC(c1ccccc1)C(N)C1=NC(=O)c2cccnc2C1=N TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64953 FC(F)(F)F.N=C(C=CNc1cccnc1)C1=C(F)CCC=N1 TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64954 N=C1N=c2ccccc2=N1 TargetDiff 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64955 O=C1c2ccccc2Cn2c(cccc2=O)C2COC12 TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64956 C=C1CC[C@H](CC=Cc2cccc3c2CCC3)[C@H]1[C@@H](C)F TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64957 C1=COc2ccccc2C2=NC=1NC1=C2CC=NC1 TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64958 NCC1C=CC(N)C2=CCCN=C21 TargetDiff 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64959 CC(=O)N1c2ccc(CCC(C)C)cc2C(=N)OCC1C(C(=O)O)C1=CCC(F)=CC1 TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64960 CC1CCC2=C1C(=O)N(C(O)(CC(F)F)C(=O)F)C2 TargetDiff 4MRW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
64961 CC1=C2CC3C=CCCC=C3C2=NNCC1 TargetDiff 4MRW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64962 OCC1C(O)C(C2OCC(O)C3OCCOC3C(O)OCC(O)(CO)CO2)C(O)C1F TargetDiff 6JAN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64963 OCCCN1CC2CCNC2C(O)C1C1CCC(C(O)O)O1 TargetDiff 6JAN ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64964 CC(=O)C1=NC2C=C(N3CCC(Cc4ccc5c(c4)C(C(=O)C5)C2O)C3)N1C(C)CO TargetDiff 6JAN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64965 CC(C(=O)O)C1C(O)C(C(C(N)=O)C(=O)O)OC1C(O)C1(O)CCC(CCC(O)O)O1 TargetDiff 6JAN ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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