DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64996 O=C(NC(=O)C(C(F)F)C(F)P(=O)(O)F)C(O)c1ccccc1 TargetDiff 4YYT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64997 COC(C(=O)[C@H]1CCCC[C@@H]1O)=C(F)[P@@](=O)(O)F TargetDiff 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64998 N=C1CC2C(CO)CCC2C(=O)N1O TargetDiff 4YYT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64999 OC1CCCCC(S(O)(O)O)C1 TargetDiff 4YYT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65000 CC1CC2C(=O)OC(C(O)C(C)O)C3C2=C1C(C)C3(O)O TargetDiff 4YYT ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65001 C1CCCC1.CC(=N)N.CC(C)(O)N(CCCCO)C1=CCC(NCC(=O)O)=CC1 TargetDiff 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
65002 CC(CS(N)([O])[O])Oc1ccc(CC(=O)O)cc1.OCCCS TargetDiff 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65003 CC(=O)N=CC[C@H]1C2=CCC(F)=C[C@@H]2CN2C[C@@H](CCC[C@H](N)[C@@H](O)C[C@@H]3CC[C@@H](O)C3)C[C@H]12 TargetDiff 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
65004 F.F.O=C(NC[C@@H](O)c1ccc(F)cc1)[C@H]1C(O)=CC(C=C=CO[C@H](F)C=C(F)F)=C[C@H]1O TargetDiff 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65005 CC(C[C@@]1(CCC(C)C)CCC[C@@H](C(N)=O)CC1)=C1NC(C)=C(C)N1 TargetDiff 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65006 C=C(O)CC(O)C(C)C(=N)C(O)C(F)OCCc1ccncc1OCCC1CNC(=O)C1 TargetDiff 5EEK ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
65007 CCN1CC(C(=O)CNc2ccccn2)C(O)C2C=CC=CC21 TargetDiff 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65008 O=C(O)C(=O)SC(F)C(O)C1CC2CCC(C2)C(CF)C1 TargetDiff 5EEK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65009 O=C(O)C(CCC(=O)N1CCC(O)CC1=O)C1C=CC=C(CO)C1C1=CCCC=C1 TargetDiff 5OD1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65010 CC12CC=CC(NS([O])([O])CC(CC3C=CCC=C3)C(=O)O)C(C=NCC1)C2 TargetDiff 5OD1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

64996 to 65010 of 73725 items. Total 4915 pages.