Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65041	CCCNN=C(CNC1C(O)=CC=CC1=C1C=CCC=C1)NC(=O)CCC[C@H](C)N	TargetDiff	6C0S	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65042	O=C(CCC1C2CCC(C(O)C(O)CO)CC(C(=O)O)C2C2(O)CC3CCC31C2)Oc1ccccc1OC1C=CC=CC=C1	TargetDiff	6C0S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65043	COCCNN=C(C[C@@H](C)[C@H](C)CC1CCc2ccccc2C1)N[C@H](C)C(C)C	TargetDiff	6C0S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65044	CCC=S.Cc1c(F)ccc2c1=NC(=N)C1CC3=C4C(=NC(C(C(C=C=O)CC(C)CN)C5OCCC5O)O3)NC(=O)C=2N41	TargetDiff	6C0S	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65045	CCCCCNCOc1ccc2c(c1)CC1OCC3=C(CN/C=C\C(C)=C\N21)C(=N)N=C(C)C3	TargetDiff	6C0S	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65046	N=C(N)C12NCN=C1NCN2.O=C(O)C(O)CNC(=O)C1CC(O)C1CO	TargetDiff	6C0S	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65047	CC(CCC(=O)NCC1=C2C=CC(O)=CC2C=CC1)C(=O)CC1CNc2ccccc21	TargetDiff	2RMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65048	O=C(NNC1=CCC=CC1)c1ccnc(-c2ccccc2)c1	TargetDiff	2RMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65049	CC(Oc1cccc(C2C=CC3=CCCOC3=C2)c1)P(=O)(O)O	TargetDiff	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65050	CC(CC(=O)O)NC(=O)C(O)C(C)N(C)C(=O)OCc1ccccc1	TargetDiff	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65051	CC(O)CNC(=O)C(CCOc1ccccn1)NC(=O)C1=CC=NCNC1	TargetDiff	2RMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65052	CC1=NC(C(=N)NCC(=O)Nn2oc3ccccc3c2=O)CCC(=O)N1C(=O)O	TargetDiff	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65053	Cc1ccc(C2CC(C3CCCC4=C(CC(N5CCCC5C(N)=O)=N4)C3)CN2C=O)cc1	TargetDiff	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65054	CCCC1CC(NC(=O)c2ccc(C(N)=O)cc2)NC1=O	TargetDiff	2RMA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65055	O=C1N=C2CCCC=CC2C=C1NC(O)C(=O)NC1=CC=CC(C(=O)O)C=C1	TargetDiff	2RMA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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