DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65086 O=C1CC(F)CCC2CC3C=C(F)C(F)C(C(=O)O)C3=C=C3NCNC1C32 TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65087 CC[C@H]1[C@@H](C=C2C=CCC=C2)[C@@H](O)[C@@H]2[C@@]3(CCC=CC(F)(F)[C@@H](F)OC(=O)CCC(=O)O)[C@@H](OO)CC[C@@]12[C@@H](NOCl)[C@@H](O)[C@@H]3O TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65088 N=C(CC1C=CCC=C1)OC1=CC(F)=C(O)CC1F.O=S(O)C(F)(F)F TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65089 CCC1NC2=C(C3C=CC=NC3C1C)C(C(C)(C)S(=O)O)NC2 TargetDiff 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65090 CC1(C)C(=O)NC(O)(CCO)C2C1CN1C3=CCC=CC3c3ccccc3CC21C(=O)O TargetDiff 6G3V ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65091 CC(=O)N1OC(C2CCC(O)(O)C(C3CCC(O)(O)C3C(O)C(=O)O)CC2O)c2ccccc21 TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65092 CC(C)(C)COC(=O)C1C=CC=C(CCCC(O)(F)CC(=O)O)C1OC1C=CCC=C1 TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65093 CO[S@@]1(O)C=CC2=C3C(=C(C(=[C]C(=O)N=CNF)C(F)F)C[C@H]3C1)CC2 TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65094 CC1C=C(NC(=S)NC(O)(F)[PH](F)(F)F)C(F)N(C(F)(F)F)C1 TargetDiff 6G3V ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65095 CN1CC(CCCC(O)C2=NNN=CC2c2ccccn2)CN1 TargetDiff 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65096 CCN1CC(c2ccc(O)c(-c3cccnc3)c2)=C(CCF)N1 TargetDiff 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65097 Cc1nc2n(n1)C1=CC=CCC1C2 TargetDiff 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65098 CCNCC1CCC(O)C(O)(OC2=CN(O)C(C)C=C2O)O1 TargetDiff 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65099 CC(C)CC1C(O)CCCC1C1=CC2=C(CN1)C(C)NC2 TargetDiff 2PQW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65100 CN(C)C1=CCC(O)=C(N)C1 TargetDiff 2PQW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

65086 to 65100 of 73725 items. Total 4915 pages.