DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65071 CCc1nccc(CC(O)C2C=COc3cc(C=N)cnc3N2)n1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65072 CC1=CC2CC3C(CC2C(Cl)=C1)C(O)CN3C(=O)C1CC2CCCCC2C1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65073 O=C1CCC(=C=CN=C2NCCN2)O1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65074 N[SH](P)[SH]1[SH](N)[SH](OP)PPS1(N)F TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔
65075 N=C(Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCc2cc(O)ccc21 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65076 CCC(O)C1CC(=O)C(C(CCC(OC2OCC(C)O2)C(=O)N2C(C)C(O)C2O)OC)C1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65077 CC1NCCC2CCC3C=NC(NCC(=O)O)=C(O)C(NOc4nc5c(n4C4CC(O)C1C4)CC=CC5CN)C3CO2 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65078 O=C1CC(C(CO)C(=O)O)CC(CNCCc2ccccc2)C=N1 TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65079 CNCC(NCCc1ccccc1)c1cccc(C(=O)O)c1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65080 O=C(O)C1=CC2C(=O)C(C3NCC(c4ccccc4)O3)C=CC=C2C(=O)C1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65081 CC(O)C1CC(O)CC(C(O)c2ccc(C3CC(O)C(O)O3)cc2)O1 TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65082 CC(=O)Oc1cc2c(c(C(=O)O)c1O)N1N(O)CC(C3CCC(C(N)=O)CC3)C1(N)N2 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65083 CC1CC2=C(CC(=O)N1)C(NNCC1CC3CCCN3C1)=C1c3cc(O)ccc3C21 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65084 CCNC1CCC(OC2N=NCC(C(O)C(C)c3ccccc3)C3=CCC=CC32)C1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65085 O=C(O)C(O)CC1CN=C(C(O)C(O)CC(O)CC2=CC=CCC=C2)N1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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