DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65056 COC1C(=O)N(CNCC(N)(O)O)CC(C(=O)NCC2=C3NCC(Cl)=C3C3=C2CCC3)C1O TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65057 CC(C)CC(O)C1N(COC2CCC(C(=O)O)C2)CNC2=NC(Cc3ccccc32)C(=O)OCCNS1(O)O TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65058 CC1CC2=C(CC(OC(=O)c3ccccc3)C=C2)NC1=O TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65059 CCc1ccc(NC(=O)NC2CCC(OC)C2)nc1 TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65060 CC1=CC2C=CC=C(ON=C3C=CC(Cl)=CC3)N=C2C=C1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65061 O=C(O)c1ccc(C(=O)NC2Oc3ccccc3NC2=O)cc1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65062 COC1=C2OC(CC(C)CNC(=O)C(O)c3ccccc3F)NC2CC1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65063 NS(O)(O)Nc1cccc(ONCC2C=CC=CC=C2)c1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65064 O=C(CNC1C=C(C(=O)O)C=CC=C1F)Nc1ccccc1C1CCCC1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65065 O=C(NCCC1CNC(C(=O)O)C1)c1ccccc1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65066 CC1C=CC(C2Cc3cnc4ccccc4c3O2)C=CC1P(=O)(O)O TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65067 CC(C(=O)O)c1ccc(CCCOC(=O)C2CCC(C)C2O)cc1 TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65068 NC(=O)CC1=CC2OCC(c3cccc(CCl)c3)C=C2N=C1 TargetDiff 2RMA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65069 CC(=N)N1CC(CC(=O)O)NCCC2CCC(CN2)c2cc(C)ccc2OOCC2=CC(CNC(N)=O)C=CC21 TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65070 CCCN(CCc1ccc(F)cc1)C(=O)C1C=CCC(OC(=O)O)=C1 TargetDiff 2RMA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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