DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65026 CC=CO[C@H]([C@H]1CC[C@H](OC(=O)CC)C1)N(O)[C@@H](CC1=C(Cl)CC(=NC[C@H](O)[C@H](C)N2CCCC2)N1)C[C@@H](C)C(=O)O TargetDiff 6HAX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65027 C=Cc1on([C@@H]2CCC[C@@H]2O)c(=O)c1C(CC[C@@H](C)C=CC)[C@]1([C@@H]2C=CC=C(O)C=N2)N[C@@H](CCO)Cn2cnc(=O)cc21 TargetDiff 6HAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65028 NC1=CC=CC2=CC=CC=CC12 TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65029 c1ccc2c(c1)CCNC2 TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65030 CC1CCCC1C TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65031 OC1CNCCC2=C1C=CCC=C2 TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65032 COCc1ccc2c(c1C)C(=O)C1(CCCCC1O)C2=N TargetDiff 4MRE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65033 OC1=C(O)C=CCC=C1 TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65034 CC1CCCCCCC1N TargetDiff 4MRE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65035 O=C1C=CC2=CC=CCC2=N1 TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65036 OC1(O)Cc2cccc3c2C1CC3 TargetDiff 4MRE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65037 Cc1cccc2c1C(=O)NC2=O TargetDiff 4MRE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65038 CC1=C2CC(C(O)C3CCN(c4ccccc4F)C3)C2C(NC(=O)O)C=N1.CC1CC(C2C=CC=CC3=C2C=CCC=C3)O1 TargetDiff 6C0S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65039 NCc1ccc(C2NCNC2CCCc2ccccc2)cn1 TargetDiff 6C0S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65040 CCOC(F)F.CCc1cccc(C(=O)NC2CCCCC2)c1.Cc1cc2c(cn1)C1C(C2)CC(O)C(O)OC(=O)C1O TargetDiff 6C0S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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