DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
64801 NC(N)=NCCN(C(=O)O)c1ccccc1 TargetDiff 4R3W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64802 C[C@H](c1cncc(O)c1)[C@H](C=CCC(=O)O)OCCO TargetDiff 4R3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64803 Cc1ccc2c(c1)C(CO)N2C(CC1=CC=CC(O)C=C1)OC(=O)C1CCC(O)(O)CC1 TargetDiff 4R3W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64804 NC1C=CC(OC2CCCCOC2)C(C(=O)OC(CN2CCc3ccccc32)C(=O)O)C=C1 TargetDiff 4R3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64805 O=C1OC(=O)C(OC2CCOC2)C(CO)C(O)C2=CC1=CCC=C2 TargetDiff 4R3W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64806 Oc1ccnc(OC2C=CC=CC=C2)c1 TargetDiff 4R3W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64807 CC1=NC=NC(=N[C@H](COCC(=O)O)C(=O)O)C1 TargetDiff 4R3W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64808 CCC(=O)N[C@H]1c2c(cc(F)nc2OC)C[C@@H]1N=C1C=CC2=NCCCC2=C1 TargetDiff 4R3W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64809 CC(C(O)(O)O)C1(C2CNN3CCCC=C23)CC2=CCC(=C=O)C(CN)=C2C1 TargetDiff 4R3W ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64810 O=C(O)COCC1C(O)C(O)C([P](=O)O)C2(O)C(=O)C3C1CC(c1ccccc1)C3C2O TargetDiff 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64811 CC(=O)C1CC(O)N(C2OC(C(O)C(=O)O)OC(O)(O)C(O)CC2O)C1=O TargetDiff 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64812 CC(O)C1OOCC2C(CC(OP([O])[O])C1O)C(O)C(O)C2C(=O)O TargetDiff 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64813 NC1C(=O)N2c3ccccc3C(O)C(O)C2CC1CO TargetDiff 5EW0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64814 O=C(O)C1CCCC(O)CCC(O)C2(O)COC12 TargetDiff 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
64815 O=C(O)C1(O)C(O)C(O)C2(O)OCCC(O)C21O TargetDiff 5EW0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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