Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65191	CC(CCO)N1CC2=C(C3C(=O)NC(=O)C3C=C(C(N)=O)C2)N1C	TargetDiff	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65192	CCC(CC(O)CC(N)C(=O)O)Oc1nc(C(C)CCO)nc(=N)c2c1CNC2=O	TargetDiff	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65193	CC(O)=CC1C=CC=CC1=NC(N)=O	TargetDiff	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65194	CC1C=CC(N2C(C)OC23N=C(C2=C(CC(O)CO)C(C4C=CCC=C4)CC2)C=C2C(=O)NC=NC23)C2=C(C1)OCN2	TargetDiff	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65195	NC(=O)CCC1C(c2ccccc2)C=CCC1C1CC(Cc2ccccc2)C(C(=O)O)N1	TargetDiff	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65196	CCN1CC2=C(CC1=O)C(C(O)C(=O)O)C(C1NC(=O)C(O)C1c1cccc(C)c1)C=C2	TargetDiff	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65197	O=C(O)C1=CC2C3C=CC=CC3=C3CCC4=C3N2C(=C1)C(CO)CO4	TargetDiff	5W2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65198	CC(Nc1cc(C(=O)O)cc2c1C1C=CCC=C1C(=O)N2)C(=O)O	TargetDiff	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65199	CCCOc1cc(CO)cc(C2CCC(c3cc(CO)ncn3)CC2O)c1	TargetDiff	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65200	O=C1N=C2NC(CCC(CCCO)NC3C=CCC=C3)=C(CCO)C2CCN1	TargetDiff	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65201	O=C1CC2=C(CC(Cl)C2)OCCC(O)C2(O)CC3=C(O1)C(C(=O)O)CN3C2	TargetDiff	5W2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65202	C1#C/N=C\C2=CCc3ncc4c5c(cc(c4c3NC2)C#CC/C=C\1)-c1ccncc1C5	TargetDiff	5NJZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65203	CCC[C@@H](O)C1CC2=C3C=N[C@H](C)C(=C=C(CC)C(=COC)O[C@H]4C=C5C=CC=CC=C5OC4)C(=O)N3NC2C1	TargetDiff	5NJZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65204	CC[C@H](C1=NC(=C[C@@H](N)CO)CC2=C1C(c1cccc(C(=O)O)c1)C(=O)N2)C(C)C(C)C	TargetDiff	5NJZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65205	C[C@@H]1[C@@H](C(=O)O)CC[C@@H](O)[C@]12NC(=N)C1=C3C4=C(CC[C@@]4(C)C[C@H]32)C(=C2CCCC2)NC1=O	TargetDiff	5NJZ	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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