Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65236	CC(C)=O.CN(C)c1ccc2c(c1)OC1C=C3C(=CC1C(C)(O)N2CCF)Cc1cc(C(=N)N)ccc13	TargetDiff	4CRA	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65237	CC1=C2/C=C/C3(C)C4C5=C(C=C(O)C4C(=O)OCC2=NC(=N)CN1)N(C)/C1=N/c2ccccc2CC(=O)N3C51	TargetDiff	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65238	Cc1ncnc(CCC(O)C(N)=C=C(NC2CCCC2)C2C=NC(=N)N=C2)c1C(=O)O.OCF	TargetDiff	4CRA	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
65239	CC[C@@H](C)C(=N)N=C[C@@H](CC=C1CC2COC3=C2C1=C1C=CC2C=CC=CC2=C1C=C3)N1CCCCC1=O	TargetDiff	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65240	O=C1CCCOC2CC(F)=CC(C(=O)O)/C2=N/C(C(=O)OO)CO1	TargetDiff	6G24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65241	Nc1ccc(N(CCC(O)C(=O)O)C2=CCC=CC2)cc1	TargetDiff	6G24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65242	CCCC1C(C(O)C(=O)O)C(=O)N(c2ccc(O)cc2F)C1(O)CC(C)O	TargetDiff	6G24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65243	CON1c2ccccc2CC1C1(C2C=C(F)CC=C2O)CC2C=CCC=C2N1	TargetDiff	6G24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65244	O=C1CC[C@H](CO)N1[C@@H](CF)[C@H]1C=COC=CC1=CF	TargetDiff	6G24	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65245	COC1=CC(C)C=C(C)C1C(O)=C=C(O)CCC1CCCc2ccccc21	TargetDiff	6G24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65246	CNC(=O)N1NCC(Cl)C1F.COC(=O)C(CO)c1ccc(Cl)c(Cl)c1	TargetDiff	6G24	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65247	CC1(C(=O)CN)C(CNC2C=CCC=C2)C(O)CC(O)(O)C1O	TargetDiff	6G24	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65248	CCCC1CCC(c2ccc(F)cc2)=NC2C1CCN2C	TargetDiff	6G24	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65249	CC1OCCC1C1CC2=C(CC(O)=CC2)C1	TargetDiff	6G24	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65250	CS(CO[SH](P)(C=O)(CN)P(O)(O)(O)F)(ON)OP	TargetDiff	3KC1	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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