Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65266	CCC(=O)OC(CO)CC1COC(C(C(C)O)C(O)C2COC(C(C)(O)CC)CC2O)O1	TargetDiff	5I3V	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65267	N[C@H](C1=NC[C@H](CCC#CC=C[C@@H]2CCC3CCN2CC3)N1)C1CCNCC1	TargetDiff	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65268	CC1=CC2C3C=NC(C)C(C)(CCc4cccc(c4)C(=O)N4C(c5ccccc5)C5C(=C1)N2C4CC5(N)O)C3	TargetDiff	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65269	CC1/C=C2/CCC3/C2=C/C(CC(N)CNC1)CC1(c2ccccc2)COC(Cl)=NC(/C=C\C3C)C1C	TargetDiff	5I3V	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65270	CC(=CCC[C@@H](CC[C@H](N)C(=O)O)C[C@H](O)C1=C[C@H](C)CC1)C(=N)N	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65271	CC(CC(N)=O)CN(CCC1=CC=[C]C2=C=C1CCC=C2)C(=O)CC(CF)NC(=O)c1ccccc1C=O	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65272	CCCC[C@H](C#CC1CCCCC1)CC=CCC(=O)O	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65273	N=C1C2=C(/C=C(/NC=NC3C=CC=C(O)C=C3)[C@H]3N[C@@H](C(=O)O)C[C@H]3CC2)C[C@@H]1c1cccc(F)c1	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65274	NC(=O)NC(=S)C1CC2C(O)C(Oc3ccc(O)cc3)OCC2N1Oc1cc(C2CCNNC2)ncn1	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65275	N=C1NO[C@@H]2C([C@H]3CCC(=O)N([C@@H](N=Cc4cccc5c4C=CC=C(O)C5O)[C@@H]4CCC(CC(N)=O)O4)CC3)=CCC(O)=C12	TargetDiff	6ORR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65276	O=C(O)CCOC1CC(Nc2cccc(F)c2)C(O)OC1C(O)NNC1=CC=CC(F)C=C1	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65277	OCCCCCCN=C1CC=C(F)C=N1.c1ccccc1	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65278	C=C(C[C@H](N)C=N)NC(=NCC[C@@H]1CC2=C(CCC[C@@H](O)[C@H]2O)N1)N(O)[C@@H]1CC[C@]2(Cc3cccnc3C2)C1	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65279	CC(C)=CCC[C@@H]1C[C@]2(C[C@@H](C3CC4=C(CCC4)C3)[C@@H]([C@@H](N)CCO)C2)[C@H]1O	TargetDiff	6ORR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65280	CC1=NC=C(C2C=CC=C(N)C=C2)N=C(C2C(O)C(N)=CC3C(C)C(C)(O)c4ccccc4N32)C1	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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