Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65221	CC=C1CO[C@@H]2C(=O)N3CC(O)(O)CC[C@H]4[C@@H](O)c5ccc(F)cc5[C@@H](CC2[C@@H]43)S1	TargetDiff	4W97	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65222	CCc1ccc(OC2(ON)CC3C(CC4C5C(OCO)=CC=C(O)C5=NC=CN43)C2O)cc1	TargetDiff	4Z83	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65223	N=C1C=C2C(C=N1)CCC(O)C(CC(=O)O)C2CO	TargetDiff	4Z83	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65224	O=C(O)C1Oc2nc3ccncc3n2CC(O)CC(O)OC1=O	TargetDiff	4Z83	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65225	N=C1CC(=N)C(NC2OC(CNC(=O)C3CCC3)C(CO)C2O)C(=N)N1	TargetDiff	4Z83	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65226	CC1CNCC(NCO)CC2N=CC3C(=O)N=CN=C3C2NC(CO)CO1	TargetDiff	4Z83	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65227	C/C1=N\C(=O)OC(CCCc2cccc(F)c2)C2(C)CC(CCC2=N)C2C=C(CCC=N2)C1	TargetDiff	4Z83	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65228	CC1=CC[C@@H](N=CC(CO)(CO)[C@@](C)(O)N2C=NC(=N)C3=CNC=NC32)C=C1	TargetDiff	4Z83	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65229	CC1=C[C@H](C2=C3[C@H](CC2)CN2NCC[C@H]2[C](N=C2CC=CCC2)/N=C2\[C@H](CO)ON32)C=NC1	TargetDiff	4Z83	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65230	CC(CN)NC(=O)CC1NC(C2=CC(=N)C(O)C(O)=C2)C(=O)C1O	TargetDiff	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65231	CC1=C(OC2CC(C(=O)O)c3ccccc3N2)C(=O)C2C(=O)C(C3=CCC(=N)N=C3OC3COC(=O)O3)CCN2C1=O	TargetDiff	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65232	CC[C@@H]1[C@H]2[C@@H](NC(=N[C@@H]3C(=O)CC[C@H]3C=C3C=C(O)C(C(=N)N)C=CC3)[C@@H](C)C[C@H]2O)OS1(O)O	TargetDiff	4CRA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65233	CCCC(C(=O)CCCC(NC(=O)OC)c1cccc(C(=O)NC)c1)c1ccc(O)cc1	TargetDiff	4CRA	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65234	CCCCNCC(C)Nc1cccc(NCc2ccc(C(=N)N)cc2)c1F	TargetDiff	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65235	N=C(N)C1=C2CCC(NC(=O)N=C3SC[C@@H]4Nc5ccccc5O[C@@H]34)=C2CC1	TargetDiff	4CRA	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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