Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65281	C[C@H]1CCC[C@@H](C)[C@@H]1C1CC(c2ccc(O)cc2)C(=NCCC2CCCCC2)C2=C1C(=N)OC2	TargetDiff	5NK8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65282	CC1=CCC=C(N(C)C[C@@H]2CC[C@@H](CC3=CC(=N)N=CC3=C3C=CC(C(=O)O)C=C3)O2)C(C)=C1O	TargetDiff	5NK8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65283	COC1=C2C=CC(=O)N=C2C2N=CC3C=NC(N4C=NCCCC4)C=C3C=C12	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65284	CC1=CC=C2C=CC=CC2C(C2C=CC3=C(NC4=CC5C=CCC=C5C=N4)NC(=O)C3=C2)C1	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65285	CCCCC(C)c1ccc2c(c1)-c1cc(C(C)O)c3c(c1OO2)OCO3	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65286	CCC1CNCCCSC2CC3C(=NC=CC3C3C=CCC=C3C3=C2CNN3)N1	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65287	C=NC1C(=O)C(c2ccc(OC)cc2)C2=NC1C#C/C=C\NC1=COC3CCC(CC(C(=O)O)CCN2)CC3C1C	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65288	C=C1C(CCN(C)C)=Cc2ccc(C(=O)O)cc2CC1c1cc(C(C)(O)C2=CCC=CC2C)ccn1	TargetDiff	5NK8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65289	C=C1C2C3NCC(O)C2C2C4c5cc6ccncc6nc5C=C(C)C4C(C)C(C)C1(O)C32	TargetDiff	5NK8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65290	COc1ccc2c3c(ncnc13)C(O)(c1ccccc1)C1=C2CCC1	TargetDiff	5NKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65291	O=C1Nc2c(ccnc2NC2=CC=CCC2C2CCCC2)OC2NCCOCC12	TargetDiff	5NKC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65292	CCCCC1=C2C=NC(=N)C=CC2N=C2C=CC(C3C=CCC(C)=C3)=CC21	TargetDiff	5NKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65293	CC[C@@H]1C=C(Cl)C=C[C@H]1[C@@H]1C(=CO)C(=O)c2c1ccc(C=O)c2N	TargetDiff	5NKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65294	Nc1cccc2c1C1=NNC=CC(C3C=CC=CC3C3C=CCC=N3)C1O2	TargetDiff	5NKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65295	CC1CCCC2CCC3=C2NC2C=C(Nc4cccc1c4)C(=O)N(C)C2OC1=C(CCC3)CCC1F	TargetDiff	5NKC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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