Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65326	C[C@H](O)[C@H](C)N1C[C@H](O)[C@@H](C=C2C[C@@H](Nc3ccccc3)CN2)N1	TargetDiff	4W9F	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65327	O=C1NN(C2=CCC=CC2c2ccccc2)CC1=C1N[C@@H](C2CCOCC2)C[C@@H]1O	TargetDiff	4W9F	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65328	NC1=c2ccccc2=Nc2c(F)ccc(O)c2C1O	TargetDiff	5F25	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65329	CCC1CN=C2C(=O)C(C3=NCCCC3)c3ccccc3N2C1	TargetDiff	5F25	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65330	CCC(O)=C1CC(=C(C)O)c2cn(CO)c(=O)cc21	TargetDiff	5F25	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65331	C[C@H]1CC[C@@H](C)CN1CC=C/C1=N/C(=CC2CCC3=C2C[C@@H]2C(=C4CCCC4)[C@H](O)CN32)N(O)CCCN1	TargetDiff	5F25	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65332	O=C1C2=C(CCC1CC1CCCC1)C1C(=O)CCC=C1N=C2	TargetDiff	5F25	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65333	C=C(F)CC1CCNc2ccccc2NOC(=O)C2=CCC=CC21	TargetDiff	5F25	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65334	C=C1CCC23C(=CC4CCCC4)CN4C[C@@H](S(C)([O])[O])C(=C5CNC1=C52)[C@H]43	TargetDiff	5F25	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65335	CCCCC1CC2=C3C(CCC2=O)CC(C)(O)CCN3C1=O	TargetDiff	5F25	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65336	CC(=NC=CC(=O)O)C(=C[C@H](O)F)NC1=CC[C@H](CC=C2[C@@H](O)C[C@@H](N)[C@]2(O)F)C1=S.C[S]=O.O=CCF	TargetDiff	6HNI	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
65337	C[C@@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C(O)=CO)CC=C(O)[C@@H]1F	TargetDiff	6HNI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
65338	CC(=O)C1CC(C2CC=CC3CC4OCCN=C4CC3C2=S)C(O)(O)C1	TargetDiff	6HNI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
65339	NC(CCCC(=O)O)C(=O)O	TargetDiff	6HNI	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65340	NC1C(=O)C(=O)NC1C1=CC(O)(C2=NCC=CC2)CC1	TargetDiff	6HNI	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔

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