Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65296	N#CNC1=Nc2cccc(O)c2N2CCC3C(=O)OCN3CC3CCC4C=CCC=C4N3CC12	TargetDiff	5NKC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65297	CC(CO)C1CCCCC1CN1C(=N)NC2C(NCN)=NC3C(=O)C(C)C(C)C3=C21	TargetDiff	5NKC	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65298	CC1=CCC=CC(OC2C=NCC=C2[C@@]2(C=C(OC[C@H]3CC4=C(CC(C)=NC4Cl)S3)[C@H](C)CO)OC[C@]2(O)C(=O)CO)=C1	TargetDiff	6H5X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65299	CCN1C(C)C(C(=O)O)C2C(OC(=O)C(O)C(C)C)C(CC(=O)O)OC21	TargetDiff	6H5X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65300	O=C1CC2=C(C=N1)C(NCC1COC(=O)C(O)C(C(O)CCC3CCC(=O)O3)N1O)CC2	TargetDiff	6H5X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65301	NC(=O)C(O)C1COc2ccccc2C1C(=O)NNC(=O)CC(=O)O	TargetDiff	6H5X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65302	CN[C@H](C(=O)F)C1O[C@@H]([C@@H](O)C=C=CC(O)(O)C=C(C)O)[C@H](C(=O)O)[C@H]1O	TargetDiff	6H5X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65303	C[C@H]1C[C@@H](O)[C@@]2(CN=C3C[C@@H]4C(O3)[C@]3(CO)C[C@@H](CC[C@H]3O)C[C@H](CCCCO)[C@]4(C)O)CC[C@@H]12	TargetDiff	6H5X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65304	CC(C)C(S)C(O)CNC(=O)CN(C(=O)CC(=O)O)C(=O)C1C=C(O)CC=C1O	TargetDiff	6H5X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65305	COC(O)C(O)(O)C(O)C1CC(O)CCON2C(=O)N=CC(F)=NC12	TargetDiff	6H5X	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65306	CCCNCC1COC1CCC1NS([O])([O])C(N)C(C)OCCC1O	TargetDiff	6H5X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65307	CC(CC1OC2(CC(OO)C(O)CC(=O)O2)C1C(O)COC(O)P(=O)(O)O)C(=O)O	TargetDiff	6H5X	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65308	CC=C(CC(N)=O)NC[C@@H]1[C@@H](O)C2=C(C[C@]1(C(=O)O)[C@H](O)C(=O)O)[C@@](N)(CO)C(=O)N2	TargetDiff	5D6J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65309	CCN1CC(NC(=O)c2ccc(OC)nc2)CNC2CCC(=O)N2CC(O)C(CP(=O)(O)O)C1	TargetDiff	5D6J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65310	CCCCCC(N)C(=O)C1C=CNC=C2C(O)C(=N)NC21	TargetDiff	5D6J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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