Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65641	O=C1CC2CCC3CC4C=CC5=CC(C(F)(F)F)C(F)C1C(=S)C5C4=C23	TargetDiff	5WA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65642	CCC1C(=O)N(C2C=CCN=C2)C2C(C3C=CC=CC=C3)c3cc(F)ccc3C12	TargetDiff	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65643	CC1CC23/C4=C/COC5CC(O)=CCC5CC4C4C5CCCC5C(=O)C4C2CC3CN1	TargetDiff	5WA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65644	CC1=CCNC(C(F)C(F)F)C2C(F)C3NC4OCC=CC4C3(C)C12	TargetDiff	5WA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65645	CC(O)CC1Cc2cccc3c2=C(CCCN=3)C2CCC3=C2N1NN3	TargetDiff	5WA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65646	CCC1C2CC3CC45CCCC(C4)C(O)(CC(C4CCOC4=O)/C=C/C1(C)C(=O)OC)C5C2CC3O	TargetDiff	5WA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65647	CC(=O)CC(c1ccccc1)C12CCCC(CC1S([O])([O])C1C=CCC=C1)C2	TargetDiff	5WA5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65648	Cc1nc2c(n1C)OC(C)CC(=O)N1C=c3ccccc3=NC21	TargetDiff	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65649	CCNC(=O)C1=CC=C(C2CCC(O)=C2C(=O)O)C(C(C)O)C1Cl	TargetDiff	5WA5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65650	CCCC(C)CCC1CC(O)C2CC(OC(=O)CCCCC(C)C)OC(C)(C)C2C1O	TargetDiff	5IA4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65651	CC(=O)CCC1CN(C2SC(C3=C4CCCC=C4C(C(N)=O)C=C3)NC2=O)CC(CN)N1	TargetDiff	5IA4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65652	O=C(CCCCO)N=CCN1c2cc(N3C(=O)C[C@@H](O)C3=O)ccc2C[C@H]1C1C=CCC(CCC[C@H](O)F)=C1	TargetDiff	5IA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65653	CCCCNCCOC1=CC2OCC3C(Cl)C(=N)N=CC3C2CC=C1	TargetDiff	5IA4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65654	CCOCC(C)=CC1=CC=C=C(CN(CC2C=C3C(C=NC2)CO[C@H]3C)C2=NCCC2)NC1	TargetDiff	5IA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65655	CC1(C)NC2=NCC(=O)N3C2=C1C=N[C@H]3CNC=C1CCCN1.CCC(=O)O	TargetDiff	5IA4	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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