DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
65686 COC1=CCC2NCN3CCNC4C5=CC(=N)C(=N)NC6=NC(C2=C1)C(C43)N56 TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65687 CCOc1ccc(CN2CCC2)c(C2C=CN=CCC2)c1 TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65688 COC1=CC2Cc3c(C)cccc3CN(C(C)C(CO)CC(O)(O)CO)N2C=C1 TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65689 O=C1CCOCC(=O)OC(O)CC2=CC(=NN=CC2)NN1 TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65690 OCCC1=C2CC(Cl)CC2=C(F)C1 TargetDiff 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65691 O=C(NCO)C1=C2C(=O)NC3C=CNC=CC3c3cccc(c32)C1 TargetDiff 6G2B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65692 C=C1CC2CC(C)CN2C(C(C)C)CC2=C(C=CCC=C2)/C=C/1CF TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65693 CC(=N)NC1=NC2C=CN(C)C=CN2C2=C1CCCCC2NC(C)=O TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65694 N=C1CN(C2C3=CC4CNCCC4=CC3c3cc(F)ccc32)CCCN1 TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65695 CC1(C)C(O)C(O)=C2C(OCC3(O)CCCO3)c3ccc(O)cc3OC21 TargetDiff 6G2B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65696 O=CC1(O)C(O)C(O)C2C(C(=O)O)CC3CC(CO)CC3NC21 TargetDiff 6Q54 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65697 CC1=NC(N(CC(N)C(=O)O)C(=O)C2=CCC=NC2=O)N=C(C2CC(C(=O)O)CN2)C1=N TargetDiff 6Q54 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65698 O=C1N=c2c(c3c4n2C(c2ccccc2)CC=4NN=C3CO)C1O TargetDiff 6Q54 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65699 CC1C2OC(NC(C(O)C(C)(O)O)CC2O)OC(C(=O)O)C2OCC(=O)OC12 TargetDiff 6Q54 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
65700 CC(O)C(=O)N1Oc2ccccc2C1NC(c1ccccc1)C(N)C(=O)O.CC=O.CCO TargetDiff 6Q54 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔

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