Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65761	O=C(O)C1OC(=O)C(C(=O)O)C(O)C(O)C1O	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65762	O=C(O)CCCCC(=O)O	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65763	O=C(O)C1(O)OC2CC(O)C(CO)OC2C(O)C(O)C(O)C1O	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65764	O=C(O)CCC(O)CO	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65765	O=C(O)C1OC(O)(CO)C(O)C1O	TargetDiff	2E6D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65766	CC1C=CC(P(=O)(O)O)CC1C	TargetDiff	2E6D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65767	O=P(O)(O)C1CC(O)C2(CO)CC(O)C(O)C2C1	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65768	CC1C(C(=O)O)NCCC1(O)O	TargetDiff	2E6D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65769	O=C1OC(O)COC(O)(O)COC(C(O)CCO)C1O	TargetDiff	2E6D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65770	OCC1C=C(O)CC=C1S(O)(O)O	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65771	CC1(C)C(O)C(O)C2CC(CC(O)C2O)C1(O)C(O)CC(=O)O	TargetDiff	2E6D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65772	O=C(O)CCC(=O)C(=O)O	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65773	CCNCC1(O)C(O)C(O)(O)C(O)(CCC(=O)O)C1O	TargetDiff	2E6D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65774	O=C(O)CC1=CC=C(O)C=CC1	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65775	O=C(O)CC1(O)CCC(O)C(O)(CO)C1	TargetDiff	2E6D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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