Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
65821	CCC(C)C1C(=O)N(O)C(C2=CC=C(C(=O)O)C(C)C2F)CC1CC(=O)O	TargetDiff	6H37	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65822	CCC12C3=C(CC(O)(O)C3)C(c3cccc(S(N)([O])[O])c3)C(OCC(c3ccccc3)C(O)C1O)C(O)C2O	TargetDiff	6H37	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65823	CC(C=O)C1C2=C(C=CC=C3CCCCC(O)C32)CC1OC(O)(O)F	TargetDiff	6H37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65824	CCC(CN(CCCC(F)C(N)C(=O)O)CC1C=CCC=C1)C(C)C	TargetDiff	6H37	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65825	CC1C2C(O)C3CC4CCC(C)(CCCC(O)CC5CCC(O)(O)C(N)C5CCCC2(O)CC41O)O3	TargetDiff	6H37	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65826	NS([O])([O])C1CC(O)(C2=C=C(C3CCC3O)NC(=O)N/C=C\C2)CS1	TargetDiff	6H37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65827	CC(C)(O)C1C=CC(C(=O)O)C(O)CC1	TargetDiff	6H37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65828	CS([O])([O])C1CC2=NN(C(=O)c3ccccc3O)C3(CCC3=O)CC2C1	TargetDiff	6H37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65829	CC(C)(C)CC1(O)C(O)C2C(F)CC(F)C3C(F)C(F)C(F)C1C32	TargetDiff	6H37	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65830	N=C(F)C(F)(F)c1ccc(C(=O)OC2=CCC=CC2)c(F)c1	TargetDiff	6H37	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65831	CC1CCOS(O)(O)C(C)OC(=O)C2C3C(=Cc4cn(C)c(=O)c5cccc3c45)N(C)C2(C)C(O)C2CC(C1)C(O)(C(=O)O)C2=O	TargetDiff	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65832	CCC(=O)N1CCN(c2ccc(OC)cc2Cl)CCCCC1=CC(O)=CN1CCCN1	TargetDiff	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65833	CCCC(O)C(C)C(CC1CNC(=O)C1OCCCC(CCCC(C)C)C1CCCC(CC(C)C)C1O)OC	TargetDiff	3O96	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65834	CC1C=C2C(C)C3=C(CCC(C(C)c4cccc(Cl)c4)C3=S)C3CC(C)N(C1)C23	TargetDiff	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
65835	CC(C)CC(O)CCC(O)CC(O)CC1C(O)C2=CNC=NC2C2CCCCC12	TargetDiff	3O96	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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