Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70726	O=C1CCNC2=C1C1CCC3CCC(C2)C31	TargetDiff	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70727	CC1=C(O)C2C(CN(O)C2C)C(=N)N1	TargetDiff	5Y94	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70728	O=C1C2CCCC3=C2C(=CCOC3)CC12CC(O)C2O	TargetDiff	5Y94	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70729	O=C1CC=CC2=C1CCOC2	TargetDiff	4WIV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70730	CC1=CC(=O)N=C2NC3c4c(ccnc4CCC3C)C12	TargetDiff	4WIV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70731	CC1CCC2C3=C=C4C(=NC5CCC6CC(C/N=C\3)C4(O)C65)C3=CCCC4CCC(OCC34)C2C1	TargetDiff	4WIV	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70732	N=C1NC2=NC3CCCC=C3N2c2ccccc2N1	TargetDiff	4WIV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70733	COC1=CC(=O)C2CCCC2=[S]1	TargetDiff	4WIV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70734	OC1=CC2CNNC2=CC(c2ccccc2)=C1	TargetDiff	4WIV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70735	CC1=C(C)C2C=NC(=N)CCN2C=N1	TargetDiff	4WIV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70736	CCOC1CN2NCC3=CCCN4C(=C5C=CC=CC5OC4C)C3C2O1	TargetDiff	4WIV	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70737	CC(=O)C1CCC(C2CC3(CCC(C(=O)N(C)c4ccccc4)C3O)C(O)C2O)O1	TargetDiff	5LZ5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70738	C[C@H](O)[C@H]1c2ccncc2C[C@@H]1C=CC=CC=C1C=CC(CC(=O)O)=C[C@H]1C(=O)NCO	TargetDiff	5LZ5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70739	C=C(F)F.CCCN1C2=C3C(=c4nc(C5=CC=CCC=C5)ccc4=NN3CCC1CC)CC2	TargetDiff	5LZ5	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
70740	CC1CCCC2CCC(CC3=CCC(O)=CC(O)=C3)C(=O)C=C2C(O)C1	TargetDiff	5LZ5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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