Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
70741	Cc1cc2c(cc1C)OC(C1OC(=O)C3OC4=C(CC(F)=CC4)ON3C1=O)N2	TargetDiff	5LZ5	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70742	C=C(C)O.CC(=O)O[C@]1(O)[C@H]2[C@H](O)C(=N[C@@H]3OC4=CC=CC(O)=CC4O3)C[C@@H]3CC[C@H]4C[C@H]([C@@H]2[C@@H]34)[C@H]1O.O=C(O)CO	TargetDiff	5LZ5	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
70743	O=C(Cc1ccc(O)cc1)NC1=CC=C2C=CC=CC2C=C1	TargetDiff	5LZ5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70744	CCC(O)C1COC(C(O)(O)NCN2CCC3=NCC(=O)N=C32)C1	TargetDiff	5LZ5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70745	O=C(NC(=O)c1ccccc1CC(F)F)NC(=O)C(C(=O)O)c1ccccc1	TargetDiff	5LZ5	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70746	CC(=O)O.CN1CCCCC1C1=NNC(c2ccccc2)C2=CC=CCC2=N1	TargetDiff	6FA4	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70747	CCCOCC1=C(NC(C)=O)CC(=C=C2CCC(F)C2)c2cc(O)ccc21	TargetDiff	6FA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔
70748	CC1NOC(=O)/C=N/CCc2ccccc2CC(C(=O)O)C2=C3C(=CC=C(F)C3F)CC1N2	TargetDiff	6FA4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70749	COC1C=C2C=CC(F)=CC2C2=C1C(=O)CC(C(F)F)=C2	TargetDiff	6FA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70750	C=C1CC[C@@]2(C=C3C(=CN=C[C@@H]3C(=O)O)C(=CCC(=O)O)C2)C2CC3(CCCCC3)C[C@@H]12	TargetDiff	6FA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70751	OC1C(=Nc2ccccc2)C(c2ccc(Cl)cc2)C=C(F)C[C@@H]1F	TargetDiff	6FA4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70752	CC1=CCC=CC(NC2=NC(=N)N=CC2)[C@H]1C=CC[C@H]1CC2=NC=CCN2C=CN1	TargetDiff	6GWR	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70753	CCC[C@H](C=CCCCC(C)C)C=NC1=NC(C)N=C(C)N1	TargetDiff	6GWR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70754	CC(=O)C1CCC2C1=CCC(Cl)=NN2C(CNc1ccc(C)c(C)c1)c1ccccc1	TargetDiff	6GWR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
70755	CCC1CC(OCCOC)C(C(N)c2ccc3c(c2)CCCCC3)CC1Cl	TargetDiff	6GWR	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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