DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70696 OC1=CC2C=CC34OC(CCC3C2=CC1)NC1=CCC=C2C1C1C(=CC=CC(O)C21)CCCCN4O TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70697 CCCC1CC(O)(O)C(O)C2(C)CC1C(=O)CCc1cc(Cl)ccc12 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70698 CC1C(O)CC(C)(CO)C(C)C1C TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70699 CC1(c2cccc(O)c2)CC2(CCCC2)C2C(=O)CCC(O)C21 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70700 CCCC(C)(O)C1(CCC)CCCCC1C TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70701 CCCC(=O)Oc1cc(C)ccc1C1CCN(C)C1 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70702 Cc1ccc(C2(O)OC3C4C5=C(C=CC=CC5C32)CCC4N(C)C(O)C=O)cc1O TargetDiff 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70703 CC(=N)N1C2=COc3ccc4cc3C2NC(CC(C)c2cccc(c2)/C=C/N=C\4)S1([O])[O] TargetDiff 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70704 CCC1C2=C(C=C3CC(N)CC3C3CCC23)C2=C(CCC2=O)C1C(=O)O TargetDiff 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70705 CCC1NC(c2ccccc2)C(C)(O)C(CC2C=CCC=C2)C2C=CCC=C12 TargetDiff 6GUH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70706 CC(CC(O)(O)C(O)C(F)F)C1CCCOC(N2CCC(CO)CC3N=C4NCC(C5C=CC(=O)C=C5)C4=CC32)C1C TargetDiff 6GUH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70707 N=C1NC=CC2=C3CNC4=NCCC(c5ccccc5C12)N43 TargetDiff 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70708 COc1ccc2c(c1)O/C=C\N1CNc3oc4nc(=O)nc-2n4c31 TargetDiff 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70709 CCC1(O)C(=O)OC(C(=O)O)C1C(O)C1CC(C(N)=O)=C2CC3=C(CCC3)N21 TargetDiff 6GUH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70710 Cc1cccc(O)c1N TargetDiff 5HIS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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