DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70651 CCCC1CCN(C(CC(C)O)CC(O)CC)C1 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70652 CC1C(OCC2CCCC(O)N2)CN2C(=CCC(Cc3cccc(N)c3)C2Cl)C1NC(=O)O TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70653 CCCC(C)C(C)(C(C)C)C(C)C(C)C=O TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70654 COC1=CC=CC(Cl)=C2C(NC(=O)C(C)(CO)C(CC3C=CC(C)C=C3O)C(=O)O)CCOC12 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70655 OC1CC2C3C4CCCC4=CC=CC3c3ccccc3CN2C1 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70656 O=C(O)C(c1ccccc1)C1C(O)=CC=C2CSCC21 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70657 CCC(O)(C(Cl)C(O)C(O)C1CC2C(C(=O)O)CCC2C1C)C1CCCC1C TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70658 CCCC12C=C(O)C(O)C3CC(O)CC3C1CCS2 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70659 O=c1cc2c3c4n1C(c1ccccc1)CC(O)(O)C4CC3CO2 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70660 CCC1=C=C(C)C2COCC3C2C(CC1)C3(C)C TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70661 CC1CC2CC(C3CC(O)C4C(O)=CCC=CC4C4CCCC(O)(O)C43)C(C)C2(C)C1 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70662 CCC1(C)CC(O)(CO)CCC1CO TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70663 CC1C=C2C=CCC(NN)=CC2C(C2C=CCC=C2)C1 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70664 CC1CCC2CCCCC3CCCCCC(C1)C32 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70665 CCCOC(=O)CCC(C)C1C=CC=C2N=C(C)C=CC21 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

70651 to 70665 of 73725 items. Total 4915 pages.