DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70606 CC(O)C1NC2C=CN=C3NC4CC5(O)NC(=N)/C=C/C/C=C(C=C=CC6C(F)=CCC=C61)\C=C\C5=CC4C32 TargetDiff 4S1G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70607 CCC(CO)NC1C(O)C2COC1C2C1=C(CCN2C3=CC=CC=C(O)C3CC2O)CCC1 TargetDiff 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70608 CCC1C(C2N=CCN=C(C(OCCNC)C(O)COc3cc(F)cc(Cl)c3)O2)CCC1S(=O)C(O)C(O)C(N)C(=O)O TargetDiff 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70609 CNC(=O)c1cc(CC2=NCC=C3CC(O)CN(c4cnccn4)CC32)cnc1C TargetDiff 4S1G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70610 CC1CCC2OCC3(O)CC(OC3CO)C3CC4COCN(C)CCC5=CC(=C=C2C1)CC(N(C)C)CC51C=C(CN(CCO)C1)C1OCC3N4O1 TargetDiff 4S1G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70611 CC1=NC2(CCC2)C2(N1)NC1CCC1C2=N TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70612 CC1C=C2OCCC2=CC1OCC1CCCO1 TargetDiff 3U9F ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70613 CCCC1C(=O)CC(C)C(C)C1C(C)C1CC2CCC1CC2 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70614 CCC1CCN2CC(C(CC)C(C)C)C(C(N)=O)N=C2C(C)C1 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70615 CC(C)C1(C(=O)O)CCC(Cl)C2C=CCC=C21 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70616 CCC1CCC1(C)CC(C)C1=C(C)CC2CCCCC12C TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70617 CC1C(C(C)C(C)(C)C)C(O)C(C)C(CC2CCCC3=C(CCC3)C2)(C(C)(C)O)C1C TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70618 CC12CCC3(CO)C1CCCC3(O)C(O)C2 TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70619 CC1CCC2CCCCCC2CC2CC(=S)C(C)C1C2(O)O TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70620 CC1CC2(O)CC3CCCCCOC3CC(Cl)(C1)C2(C)C TargetDiff 3U9F ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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