DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70561 NC(=O)C1=NC2=CCC=CC2N2CCNC2=N1 TargetDiff 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70562 CC1=NCN=C2C1c1ccnc3c1C2N1CCCC1C3 TargetDiff 6GZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70563 ClC1CNCN1.N=C1NCC(C2C=CN=CN=C2)=C1C(=O)O TargetDiff 6GZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70564 FC(F)(F)F.O=C(O)C1CCCC2C1C1C(O)CNc3ncccc3C#CC(=C=C(F)F)NN21 TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70565 C[C@]12CC(=O)C=C[C@H]1[C@H](O)[C@@H](C=C[C@H]1C3OC[C@H]1CCCOC[C@@H]1C[C@H]([C@H](O)[C@@H]3O)[C@]34NC(=O)C[C@]13COC4=O)[C@@H]2O TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70566 CC1C2C(=CCc3nc(C45CCCCC4CCC5)nnc32)C2C=CC=CC2S1(N)O TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70567 CC(C)OC1CC(C2C=CCC=C2)C2ON(C(O)(CF)C(F)(F)F)CC3C=CC(O)=CC3C12.F TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70568 CC(CO)OC1C(=O)N2C(C)CCCC2C=C1CC1=CC=CCC=C1 TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70569 CC(C)NC(C)C1C(CO)CCCC1CC(O)C1CC2CCCC1C2C TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70570 CC1CCC2(C)CCCCC(C(F)F)CC2C1 TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70571 CC(CC(O)C(C)C(CCC(CCCc1ccccc1)C(C)(O)CNC(=O)C1=C(F)CC=CC1)C(C)C(=O)O)C(O)C(C)C(=O)O TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70572 CC1=CC(CC(O)(CC2NC(CO)CO2)NCC2CC=CCC=C2F)C=C(F)C1 TargetDiff 4NL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70573 NC(=O)C1NNC2C(c3cccc(F)c3)CCC(=O)C12 TargetDiff 5IVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70574 C[C@H]1CC[C@H]([C@@H](O)[C@H](C=NN(CO)[C@@H]2C=CC=CC2)C(=O)O)C1 TargetDiff 5IVV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70575 CN(C=C1N=CC2C(=NCF)NNC2=N1)C1C=CCC=C1 TargetDiff 5IVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

70561 to 70575 of 73725 items. Total 4915 pages.