DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70576 Cc1c2c3c(cccc3n1C(=O)C(O)C(=O)NC(F)F)OCC(F)CC2 TargetDiff 5IVV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70577 O=C1CC(CO)CCN1C1CC(O)(CO)Cc2ccccc21 TargetDiff 5IVV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70578 CCC1C=C(O)C2/C(=C3/C=Cc4ccccc4C3CCCC2O)C1O TargetDiff 5IVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70579 OC1(O)CC(C(O)(O)C2C=CCC=C2)c2cc(-c3ccccc3)ccc21 TargetDiff 5IVV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70580 CCCC(C(=O)O)C(O)c1ccc2c3c1CC3C1CC3C(=CC1(O)CC(C(O)C1(C(O)O)CC=C(F)CC1)O2)CC1CCC2CCCC3N21 TargetDiff 5IVV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70581 Nc1cnccc1C1=CCC=C2C(=O)N(CC(=O)O)CC21 TargetDiff 5IVV ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70582 NC(C(=O)O)C1C=C(C2C=CCC=N2)C=NC=C1O TargetDiff 5FHO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70583 NC1C(O)C(O)C2C(C(O)CO)C3NN=C(N4CCCc5ccccc5NC4)C3C12 TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70584 NC1CC2C(O)C(C3=CCCC=C3)CCC3OCC(C(O)C(=O)OCC1C(=O)O)C32 TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70585 O=C(O)C1CC(=O)N2CNC(C3CC(C4C=NCC(O)=C4)CO3)=C2CN1 TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70586 NC1(C(=O)O)NC2C3C(CCCCC31)CC13CCC(F)C1(F)CCC23 TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70587 O=C(O)C1CNCCN2C3=CC(O)=CCC3CC2/C=C2/C=CCC3=C2N=C1CN3O.O=C(O)O TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70588 NC(=C1CC(=O)NC1=NCc1ccccn1)P(=O)(O)O TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70589 CCC1CC(N)C2C(CCO)C(O)C(NC(=O)O)C2C1 TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70590 O=C(OCO)C1=C2CC(O)(O)CN(CO)C(COc3cccnc3)C2NNC1C(=O)O TargetDiff 5FHO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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