DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70546 CC1(O)CC2(O)CCC(O)C(F)(F)CCc3cccc(c3)N3C4=C(NN(N)C(C5=CCC=CC5)=N4)C3N(C2)C1=O TargetDiff 6H34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70547 CC1COC2=C1CC(C1C3=C(CC=C4CC(O)C(O)(O)ON41)CC(C1C=CCC=N1)C3)C2 TargetDiff 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70548 C[C@H]1CC[C@@H](O)[C@H](O)[C@@]1(O)[C@H]([C@H](O)CCOCCC(O)=C[C@@H](C)O)[C@@H](O)[C@@H](C)C(=O)O TargetDiff 6H34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70549 CC1=C(O)C(O)C2C1CCC(C1C3=C(CC=CC3)CC1CC(O)C(O)O)C2O TargetDiff 6H34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70550 C[C@H](C=NC(=O)C[C@H](OC(=O)CO)C(=O)Nc1ccccc1)[C@H](N=N)C(N)=O TargetDiff 6H34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70551 NC(=O)CC1CNC(c2ccc(F)cc2)C1=S TargetDiff 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70552 CC1C2CC3C(CCC4CC(O)(O)CC43)CC2CC2CC(C(O)(O)O)CC21 TargetDiff 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70553 NC1=C(O)CC(C(=O)C2SC(S(N)([O])[O])C2C=O)CC1 TargetDiff 6H34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70554 O=C(O)C1N/N=C(\c2ccc(F)cc2O)Nc2cc(ccn2)C(O)CCNCC1O TargetDiff 6H34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70555 CC1CCCC1C1C=C(O)CC(Cl)=C1 TargetDiff 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70556 c1cnc2c(n1)c1nccc3c4c(n2c31)CCC4 TargetDiff 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70557 COCC(C)OC1CC=C(F)c2oc3ccccc3c21 TargetDiff 6GZD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70558 CCCN1CC(OC)c2cccc(c2)Oc2cncc(c2)OC(C(O)C(N)=O)CCC1=O TargetDiff 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70559 N=C1CC2c3c(ccc(CO)c3O)CN2CCN1 TargetDiff 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70560 NCC(O)c1ccncc1C(=O)O TargetDiff 6GZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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