DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70501 CC[C@H](N)C1C=CC([C@H]2CC(=C3C=C[C@@H](O)C(F)=C3)ONNN2)=C(NC(=O)O)[C@H]1Cl TargetDiff 5IH9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70502 CN1C=C2CNC3=NC=NC4=NCC5=NC6=C=CC(=O)C=C=C1C6=C2C5C4=N3 TargetDiff 5IH9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70503 CC1C=C2C(C=N1)NCC2N(C)C#N TargetDiff 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70504 CCc1ccc(O)c2cnccc12 TargetDiff 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70505 CC1NC2=C3C1CON3Cc1cnc(CO)cc1O2 TargetDiff 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70506 CC1=C2CC3C=C4C(=O)CC=CC4=CC3=C2NN1 TargetDiff 5IH9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70507 OC1(O)c2ccccc2NC12NC1C(C3NCCC3S(O)(O)O)OCC12 TargetDiff 5N34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70508 CC(N)C(C)C(=O)NCC1OC(O)C2OC(=N)N3CCCN=C3C2C1O TargetDiff 5N34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70509 CC1CC(O)C(NC2CC(CC(=O)O)CO2)C(O)C1(C)O TargetDiff 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70510 CN(CCC1CCCC1)C(=O)CNC1CC(O)C2CCC(C(O)CC(=O)O)C12 TargetDiff 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70511 CCC(=O)NC(=O)C(O)NCP(=O)(O)O TargetDiff 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70512 CC1CCC(O)C2(O)C(O)C(CC3(O)CCCCC3(C)C)OC2C(CO)NC1 TargetDiff 5N34 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70513 O=C(O)C(CCC1CCCO1)C(O)CC1=CCC=CC1 TargetDiff 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70514 CCC(O)C(CO)NCC1COC(=O)C1 TargetDiff 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70515 O=C(NC1CCCCC1O)C1(O)OC(CCO)CC1O TargetDiff 5N34 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

70501 to 70515 of 73725 items. Total 4915 pages.