DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
70456 CC(C1NC(=O)C2(C)CNC(c3ccccc3)C2C1=O)S(O)(O)O TargetDiff 5WEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70457 CC1c2ccncc2CC(N)/C(C(=O)CO)=C\C2(O)CC1CCC(C(=O)F)C2F TargetDiff 5WEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70458 CN1CCC2/C1=C\C=C/CNC(O)(S(O)(O)O)OC1C=CC=CC12 TargetDiff 5WEX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70459 Cc1ncccc1C(=O)O TargetDiff 5WEX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70460 NCNC(=O)C1OC(CC(O)C(=O)O)C(O)C1O TargetDiff 5L9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70461 CN1CCC(C(=O)CC(O)C(O)C(CC2CCCO2)C(N)C(O)NCC(O)C(=O)O)C1 TargetDiff 5L9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70462 CC1C(F)C(=O)N(O)N2OCC(O)(CCN3CCC(=O)C3=O)CC12 TargetDiff 5L9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70463 CCC(O)CNC(C(=O)O)C(O)C(O)CCCC(=O)O TargetDiff 5L9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70464 CCNC(=O)C(O)C(O)CNCC(O)C1CCCO1 TargetDiff 5L9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70465 CC1CC2(C)CC=CC(C2)C(N(C=O)CC2C(O)C(O)C3CCN32)C(O)C2CCCOC(O1)O2 TargetDiff 5L9G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70466 O=C(NC1CC(O)C(O)(CCP(=O)(O)O)C(CO)O1)C1NCCCO1 TargetDiff 5L9G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70467 CCC1CC2C(N1)C(CO)NC(=O)C1CN(C3=NC(CC)OC3=O)CC12O TargetDiff 5L9G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70468 CON1C(=O)C2CC3OC(O)C3(O2)C2CC(=N)NC(=C=CN3CN=C4N=CCC=C43)C21 TargetDiff 5L9G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70469 OCC1C(O)C(O)CC(C(O)(O)O)C1O TargetDiff 5GJ9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
70470 CC(CCNC(=N)C1CC(CO)C(F)C(O)(O)C1)C(=O)O TargetDiff 5GJ9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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